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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock使用问题求助
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zjj_0512

铁虫 (小有名气)

[求助] autodock使用问题求助 已有3人参与

求助啊，我用Autodock 做分子对接，按教程上的来，前面的感觉都没啥问题，一到docking这一步要把大分子蛋白放进去，点set rigid filename然后选择我的pdbqt文件，确定后就没有任何反应，配体小分子能导进去，就是大分子导不进去是怎么 回事，试了好几遍都不行，不知道哪里出了问题，急求啊
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1楼 2019-08-21 10:44:36
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
继续向xiabu

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2楼2019-08-21 12:00:35
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therotyonth

金虫 (正式写手)
刚性蛋白导入确实不会显示，这一步主要是告诉程序使用的蛋白pdbqt文件和条用grid生成的map文件。

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3楼2019-08-21 14:33:20
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zjj_0512

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by therotyonth at 2019-08-21 14:33:20
刚性蛋白导入确实不会显示，这一步主要是告诉程序使用的蛋白pdbqt文件和条用grid生成的map文件。

那我就没管继续了下一步，然后再操作完成后，到最后运行了autodock，很快就结束了正常么？然后生成了一个dlg文件，我用analyze打开就提示错误AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'，这个是什么意思呢？没有对接成功么？应该怎么调整呢？
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4楼2019-08-21 14:45:00
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zjj_0512

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-21 12:00:35
继续向xiabu

试了一下，到最后一步又出错了，不晓得哪的问题，提示错误AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'，应该调整Grid box么
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5楼2019-08-21 14:46:06
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zjj_0512

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-21 12:00:35
继续向xiabu

在Grid这一步中两个分子都导入后是放在一起的才对么？？我个导进来两个东西就离得很远是单独开来的，我在想是不是这出了问题
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6楼2019-08-21 15:05:48
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
盒子位置大小要参考文献来

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7楼2019-08-21 16:50:58
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南中医赵四

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-21 16:50:58
盒子位置大小要参考文献来

girdbox参数怎么找啊   我找了好多文献都没找到感觉像涝针

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8楼2019-08-25 12:00:05
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 南中医赵四 at 2019-08-25 12:00:05
girdbox参数怎么找啊   我找了好多文献都没找到感觉像涝针
...

参考中的图片设置，一般文献报道的残基就是活性位点的区域
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9楼2019-08-28 19:49:44
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南中医赵四

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-28 19:49:44
参考中的图片设置，一般文献报道的残基就是活性位点的区域...

知道活性位置girdbox参数怎么在pdb文件的TXT格式找到

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10楼2019-08-28 19:53:17
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