24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 2357  |  回复: 12

zjj_0512

铁虫 (小有名气)

[求助] autodock使用问题求助已有3人参与

求助啊,我用Autodock 做分子对接,按教程上的来,前面的感觉都没啥问题,一到docking这一步要把大分子蛋白放进去,点set rigid filename然后选择我的pdbqt文件,确定后就没有任何反应,配体小分子能导进去,就是大分子导不进去是怎么 回事,试了好几遍都不行,不知道哪里出了问题,急求啊
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


2楼2019-08-21 12:00:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

therotyonth

金虫 (正式写手)

刚性蛋白导入确实不会显示,这一步主要是告诉程序使用的蛋白pdbqt文件和条用grid生成的map文件。

发自小木虫Android客户端
3楼2019-08-21 14:33:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zjj_0512

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by therotyonth at 2019-08-21 14:33:20
刚性蛋白导入确实不会显示,这一步主要是告诉程序使用的蛋白pdbqt文件和条用grid生成的map文件。

那我就没管继续了下一步,然后再操作完成后,到最后运行了autodock,很快就结束了正常么?然后生成了一个dlg文件,我用analyze打开就提示错误AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol',这个是什么意思呢?没有对接成功么?应该怎么调整呢?
4楼2019-08-21 14:45:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zjj_0512

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-21 12:00:35
继续向xiabu

试了一下,到最后一步又出错了,不晓得哪的问题,提示错误AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol',应该调整Grid box么
5楼2019-08-21 14:46:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zjj_0512

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-21 12:00:35
继续向xiabu

在Grid这一步中两个分子都导入后是放在一起的才对么??我个导进来两个东西就离得很远是单独开来的,我在想是不是这出了问题
6楼2019-08-21 15:05:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


盒子位置大小要参考文献来

发自小木虫Android客户端
7楼2019-08-21 16:50:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

南中医赵四

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-21 16:50:58
盒子位置大小要参考文献来

girdbox参数怎么找啊   我找了好多文献都没找到感觉像涝针

发自小木虫Android客户端
8楼2019-08-25 12:00:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 南中医赵四 at 2019-08-25 12:00:05
girdbox参数怎么找啊   我找了好多文献都没找到感觉像涝针
...

参考中的图片设置,一般文献报道的残基就是活性位点的区域
9楼2019-08-28 19:49:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

南中医赵四

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by longdlut at 2019-08-28 19:49:44
参考中的图片设置,一般文献报道的残基就是活性位点的区域...

知道活性位置girdbox参数怎么在pdb文件的TXT格式找到

发自小木虫Android客户端
10楼2019-08-28 19:53:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zjj_0512 的主题更新
信息提示
请填处理意见