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wangyibo20

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】SMD方向问题 已有1人参与

问一下如何确定拉伸方向?将配体从蛋白中拉出,是最初的确定方向,不是指调整方向。多谢大家了
在线等
刚才发错版块了,现在找对地方了

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:18 ]
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armeria

铁虫 (初入文坛)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 鼓励新人 6-6 08:16
方向可以设定成蛋白开口的方向。
2楼2009-06-06 02:04:38
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wangyibo20

金虫 (小有名气)

呵呵,我还不知道是开口方向,蛋白的开口大着呢
3楼2009-06-06 10:32:27
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armeria

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 6-8 07:52
引用回帖:
Originally posted by wangyibo20 at 2009-6-6 10:32:
呵呵,我还不知道是开口方向,蛋白的开口大着呢

那您就选您觉得最可能的出口方向试试看,比如大开口的正中间的方向。
4楼2009-06-08 02:46:30
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tecpenguin

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):谢谢交流 6-24 18:22
这个很难准确确定,建议多次微调方向试试
苦干巧干,多动脑筋,坚持原则,掌握灵活,宽以待人,严于律己,广交朋友,不要吝啬
5楼2009-06-24 16:00:55
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200699wang

新虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
终于见到救星了,楼主啊,小分子的质心坐标怎么求啊?我也想拉小分子呢
6楼2011-04-20 17:18:55
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wangyibo20

金虫 (小有名气)


御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-20 21:07:05
引用回帖:
Originally posted by 200699wang at 2011-04-20 17:18:55:
终于见到救星了,楼主啊,小分子的质心坐标怎么求啊?我也想拉小分子呢

象gromacs等程序可以自动识别
7楼2011-04-20 17:31:21
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200699wang

新虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by wangyibo20 at 2011-04-20 17:31:21:
象gromacs等程序可以自动识别

我想用NAMD做啊,需要写个脚本,不会写,不知楼主有模板吗?
8楼2011-04-20 20:00:41
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