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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】SMD方向问题
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wangyibo20

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】SMD方向问题 已有1人参与

问一下如何确定拉伸方向？将配体从蛋白中拉出，是最初的确定方向，不是指调整方向。多谢大家了
在线等
刚才发错版块了，现在找对地方了

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:18 ]
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1楼 2009-05-31 14:01:19
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armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 鼓励新人 6-6 08:16
方向可以设定成蛋白开口的方向。
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2楼2009-06-06 02:04:38
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wangyibo20

金虫 (小有名气)
呵呵，我还不知道是开口方向，蛋白的开口大着呢
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3楼2009-06-06 10:32:27
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armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 6-8 07:52
引用回帖:
Originally posted by wangyibo20 at 2009-6-6 10:32:
呵呵，我还不知道是开口方向，蛋白的开口大着呢

那您就选您觉得最可能的出口方向试试看，比如大开口的正中间的方向。
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4楼2009-06-08 02:46:30
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tecpenguin

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):谢谢交流 6-24 18:22
这个很难准确确定，建议多次微调方向试试
赞一下(11人) 回复此楼
苦干巧干，多动脑筋，坚持原则，掌握灵活，宽以待人，严于律己，广交朋友，不要吝啬
5楼2009-06-24 16:00:55
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200699wang

新虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
终于见到救星了，楼主啊，小分子的质心坐标怎么求啊？我也想拉小分子呢
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6楼2011-04-20 17:18:55
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wangyibo20

金虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-20 21:07:05
引用回帖:
Originally posted by 200699wang at 2011-04-20 17:18:55:
终于见到救星了，楼主啊，小分子的质心坐标怎么求啊？我也想拉小分子呢

象gromacs等程序可以自动识别
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-04-20 17:31:21
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200699wang

新虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by wangyibo20 at 2011-04-20 17:31:21:
象gromacs等程序可以自动识别

我想用NAMD做啊，需要写个脚本，不会写，不知楼主有模板吗？
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8楼2011-04-20 20:00:41
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