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lyq123456新虫 (正式写手)
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[求助]
人的IgG CDR3区pcr引物设计求教 已有1人参与
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第一次接触抗体引物设计，不会设计，求教大神指点。怎么设计IgG的CDR3区域引物？去哪里能找到恒定区FR1和FR4的序列？求大神指点，感谢！！！ @wizardfan 发自小木虫IOS客户端 |
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2楼2019-08-13 17:16:19
lyq123456
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CDR3的种类变化不是最多吗，如果想对BCR测序的话是不是只需要扩一下CDR3的序列就可以？如果针对CDR3设计引物，应该设计在FR3和FR4两侧是吗？另外，想请问可以直接利用IMGT数据库找到引物还是可以像NCBI一样通过序列自己设计引物？没有找到IMGT数据库的简单易懂的教程，不是很熟悉这个，能麻烦说的详细一些吗？万分感谢！！！ 发自小木虫IOS客户端 |
3楼2019-08-14 15:26:11
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如果是bcr测序从文献找引物更多，race方法做，反向引物从c区设计，扩增的文库用miseq或hiseq测，只关注cdr3，就不用测通了。imgt可以找c区序列自己设计引物，文献里找更快吧，而且肯定都可以用。很多东西都可以做bcr测序，包括扩增和分析的 发自小木虫Android客户端 |
4楼2019-08-14 17:50:27
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不从fr3和fr4设计是因为这些区域并不是很保守，只是相对cdr区域变化比较少，如果在这段设计引物肯定要用到多重引物和多重pcr，如果自己引物设计的不好会出现明显的偏倚，这对cdr3多样性的分析非常不利，除非能设计一套很好的引物，有一些公司就是这么做的，所以建议从保守的c区设计引物，单引物扩增，偏好性比较小，引物从文献中找更快一些。 发自小木虫Android客户端 |
5楼2019-08-14 18:04:16
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7楼2019-08-21 09:08:38
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8楼2019-08-21 18:08:18
