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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 人的IgG CDR3区pcr引物设计求教
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lyq123456

新虫 (正式写手)

[求助] 人的IgG CDR3区pcr引物设计求教 已有1人参与

第一次接触抗体引物设计，不会设计，求教大神指点。怎么设计IgG的CDR3区域引物？去哪里能找到恒定区FR1和FR4的序列？求大神指点，感谢！！！

@wizardfan 发自小木虫IOS客户端
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1楼 2019-08-13 14:34:06
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GRUBBY_WU

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2019-08-21 21:47:30
FR1和FR4都是可变区的，如果做表达载体可以从Leader区或者可变区的FR1设计正向引物，FR4的末端设计反向引物，引物估计不少，可以在文献找建抗体库的引物，VDJ基因可以在IMGT数据库找。
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2楼2019-08-13 17:16:19
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lyq123456

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by GRUBBY_WU at 2019-08-13 17:16:19
FR1和FR4都是可变区的，如果做表达载体可以从Leader区或者可变区的FR1设计正向引物，FR4的末端设计反向引物，引物估计不少，可以在文献找建抗体库的引物，VDJ基因可以在IMGT数据库找。

CDR3的种类变化不是最多吗，如果想对BCR测序的话是不是只需要扩一下CDR3的序列就可以？如果针对CDR3设计引物，应该设计在FR3和FR4两侧是吗？另外，想请问可以直接利用IMGT数据库找到引物还是可以像NCBI一样通过序列自己设计引物？没有找到IMGT数据库的简单易懂的教程，不是很熟悉这个，能麻烦说的详细一些吗？万分感谢！！！

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3楼2019-08-14 15:26:11
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GRUBBY_WU

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2019-08-21 21:47:47
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2楼: Originally posted by GRUBBY_WU at 2019-08-13 17:16:19
FR1和FR4都是可变区的，如果做表达载体可以从Leader区或者可变区的FR1设计正向引物，FR4的末端设计反向引物，引物估计不少，可以在文献找建抗体库的引物，VDJ基因可以在IMGT数据库找。

如果是bcr测序从文献找引物更多，race方法做，反向引物从c区设计，扩增的文库用miseq或hiseq测，只关注cdr3，就不用测通了。imgt可以找c区序列自己设计引物，文献里找更快吧，而且肯定都可以用。很多东西都可以做bcr测序，包括扩增和分析的

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4楼2019-08-14 17:50:27
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GRUBBY_WU

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2019-08-21 21:48:07
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3楼: Originally posted by lyq123456 at 2019-08-14 15:26:11
CDR3的种类变化不是最多吗，如果想对BCR测序的话是不是只需要扩一下CDR3的序列就可以？如果针对CDR3设计引物，应该设计在FR3和FR4两侧是吗？另外，想请问可以直接利用IMGT数据库找到引物还是可以像NCBI一样通过序列 ...

不从fr3和fr4设计是因为这些区域并不是很保守，只是相对cdr区域变化比较少，如果在这段设计引物肯定要用到多重引物和多重pcr，如果自己引物设计的不好会出现明显的偏倚，这对cdr3多样性的分析非常不利，除非能设计一套很好的引物，有一些公司就是这么做的，所以建议从保守的c区设计引物，单引物扩增，偏好性比较小，引物从文献中找更快一些。

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5楼2019-08-14 18:04:16
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lyq123456

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by GRUBBY_WU at 2019-08-14 18:04:16
不从fr3和fr4设计是因为这些区域并不是很保守，只是相对cdr区域变化比较少，如果在这段设计引物肯定要用到多重引物和多重pcr，如果自己引物设计的不好会出现明显的偏倚，这对cdr3多样性的分析非常不利，除非能设计 ...

非常感谢详尽的解释，你说的保守的C区具体是指？怎么判断这个保守性呢？
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6楼2019-08-19 09:35:43
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GRUBBY_WU

铁杆木虫 (著名写手)
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西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2019-08-21 21:48:19
引用回帖:
6楼: Originally posted by lyq123456 at 2019-08-19 09:35:43
非常感谢详尽的解释，你说的保守的C区具体是指？怎么判断这个保守性呢？...

你可以先找一些抗体相关或者B细胞成熟相关基础知识看一看，谷歌百度都很多，比如抗体序列组成，vdj重排等等
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7楼2019-08-21 09:08:38
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lyq123456

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by GRUBBY_WU at 2019-08-21 09:08:38
你可以先找一些抗体相关或者B细胞成熟相关基础知识看一看，谷歌百度都很多，比如抗体序列组成，vdj重排等等...

嗯，好的。非常感谢！

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8楼2019-08-21 18:08:18
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