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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

[交流] 【求助】经过动力学模拟后模型的RMSD值变大?

由于是非专业人士,在进行AUTODOCK前期的同源模型构建时,用的是SWISS-MODEL,为了提高模型的可信程度,采用NAMD进行分子动力学模拟,持续300PS,结果RMSD增加了接近50%,最后稳定在2左右,请问这样的现象是否合理?

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:13 ]
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 5-30 11:34
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2009/5/27 16:52:
RMSD增加了接近50%,最后稳定在2左右

我想分子动力学终归是个动态的过程,所以由不平衡到平衡是我们想看到的结果,在不平衡时rmsd是没有意义的,最后稳定在2左右,毕竟是稳定了,是对的呀。
不过我觉得rmsd=2非常不错了,自己没怎么做过这方面,对这个数值不太有概念
,仅凭以前的一些经验谈谈看法
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-05-27 19:46:08
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-5-27 19:46:


我想分子动力学终归是个动态的过程,所以由不平衡到平衡是我们想看到的结果,在不平衡时rmsd是没有意义的,最后稳定在2左右,毕竟是稳定了,是对的呀。
不过我觉得rmsd=2非常不错了,自己没怎么做过这方面, ...

呵呵,非常谢谢你的指导,以前你的AUTODOCK答疑帖就经常过去长见识。
3楼2009-05-27 20:35:26
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

呵呵,不客气
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2009-05-29 15:26:45
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