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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】经过动力学模拟后模型的RMSD值变大？
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

[交流] 【求助】经过动力学模拟后模型的RMSD值变大？

由于是非专业人士，在进行AUTODOCK前期的同源模型构建时，用的是SWISS-MODEL,为了提高模型的可信程度，采用NAMD进行分子动力学模拟，持续300PS,结果RMSD增加了接近50%，最后稳定在2左右，请问这样的现象是否合理？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 12:13 ]
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1楼 2009-05-27 16:52:07
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-5-27 19:46:


我想分子动力学终归是个动态的过程，所以由不平衡到平衡是我们想看到的结果，在不平衡时rmsd是没有意义的，最后稳定在2左右，毕竟是稳定了，是对的呀。
不过我觉得rmsd=2非常不错了，自己没怎么做过这方面， ...

呵呵，非常谢谢你的指导，以前你的AUTODOCK答疑帖就经常过去长见识。
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3楼2009-05-27 20:35:26
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 5-30 11:34
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2009/5/27 16:52:
RMSD增加了接近50%，最后稳定在2左右

我想分子动力学终归是个动态的过程，所以由不平衡到平衡是我们想看到的结果，在不平衡时rmsd是没有意义的，最后稳定在2左右，毕竟是稳定了，是对的呀。
不过我觉得rmsd=2非常不错了，自己没怎么做过这方面，对这个数值不太有概念
，仅凭以前的一些经验谈谈看法
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-05-27 19:46:08
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