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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】make_ndx是否能定义一个区域范围呢？
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】make_ndx是否能定义一个区域范围呢？

朋友们，我想跑一个靶点-配体复合物的动力学，为了节省时间，我只想跑活性位点区域的那部分，请问这种想法和做法可行吗？

make_ndx是否可以做到“定义一个原子周围10A范围内的group”呢？

谢谢指教！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:53 ]
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1楼 2009-05-27 09:52:10
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
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gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢! 6-8 18:28
这样是比较难的，MD是所有的原子都要动的，那么原子的位置就不固定，怎么限定你所选定编号的原子都一直在一定的范围的运动呢，要想节省时间，粗粒化方法是个不错的选择。
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3楼2009-06-08 17:37:39
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armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
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gwdavid(金币+3,VIP+0):3q 5-29 15:37
我个人的理解是蛋白是一个整体，不宜人为分开，我觉得最好还是模拟整个蛋白。

make_ndx好像不能自动做到“定义一个原子周围10A范围内的group”，您如果需要这样的组，可以自己写个程序挑出您要的原子来，序列文件本身只不过是原子序数而已。
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2楼2009-05-28 23:00:04
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
飞兄所言的粗粒化方法是指介观模拟吗?还是也可以用gromacs实现的?
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2009-06-08 18:28:30
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dengw

铁杆木虫 (初入文坛)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 6-20 15:55
可以定义你感兴趣的残基，然后跑MD，这并不是一个边界条件。
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5楼2009-06-20 12:03:03
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