应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】make_ndx是否能定义一个区域范围呢？
51/1返回列表
查看: 741  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】make_ndx是否能定义一个区域范围呢？

朋友们，我想跑一个靶点-配体复合物的动力学，为了节省时间，我只想跑活性位点区域的那部分，请问这种想法和做法可行吗？

make_ndx是否可以做到“定义一个原子周围10A范围内的group”呢？

谢谢指教！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:53 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2009-05-27 09:52:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gwdavid(金币+3,VIP+0):3q 5-29 15:37
我个人的理解是蛋白是一个整体，不宜人为分开，我觉得最好还是模拟整个蛋白。

make_ndx好像不能自动做到“定义一个原子周围10A范围内的group”，您如果需要这样的组，可以自己写个程序挑出您要的原子来，序列文件本身只不过是原子序数而已。
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-05-28 23:00:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢! 6-8 18:28
这样是比较难的，MD是所有的原子都要动的，那么原子的位置就不固定，怎么限定你所选定编号的原子都一直在一定的范围的运动呢，要想节省时间，粗粒化方法是个不错的选择。
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-06-08 17:37:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
飞兄所言的粗粒化方法是指介观模拟吗?还是也可以用gromacs实现的?
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2009-06-08 18:28:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dengw

铁杆木虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 6-20 15:55
可以定义你感兴趣的残基，然后跑MD，这并不是一个边界条件。
赞一下(11人) 回复此楼
5楼2009-06-20 12:03:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gwdavid 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:40 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:29 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:23 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-11 04:21 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:12 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:07 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:32 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:21 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:10 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-11 00:59 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 4/200 2026-11-10 20:51 by Z7qfCsdIiD1T
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 4/200 2026-11-10 01:29 by FChKX8meu1ds
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭