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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】make_ndx是否能定义一个区域范围呢?

朋友们,我想跑一个靶点-配体复合物的动力学,为了节省时间,我只想跑活性位点区域的那部分,请问这种想法和做法可行吗?

make_ndx是否可以做到“定义一个原子周围10A范围内的group”呢?

谢谢指教!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:53 ]
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armeria

铁虫 (初入文坛)

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gwdavid(金币+3,VIP+0):3q 5-29 15:37
我个人的理解是蛋白是一个整体,不宜人为分开,我觉得最好还是模拟整个蛋白。

make_ndx好像不能自动做到“定义一个原子周围10A范围内的group”,您如果需要这样的组,可以自己写个程序挑出您要的原子来,序列文件本身只不过是原子序数而已。
2楼2009-05-28 23:00:04
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xuefei06

木虫 (正式写手)

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gwdavid(金币+3,VIP+0):谢谢! 6-8 18:28
这样是比较难的,MD是所有的原子都要动的,那么原子的位置就不固定,怎么限定你所选定编号的原子都一直在一定的范围的运动呢,要想节省时间,粗粒化方法是个不错的选择。
3楼2009-06-08 17:37:39
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

飞兄所言的粗粒化方法是指介观模拟吗?还是也可以用gromacs实现的?
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4楼2009-06-08 18:28:30
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dengw

铁杆木虫 (初入文坛)

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 6-20 15:55
可以定义你感兴趣的残基,然后跑MD,这并不是一个边界条件。
5楼2009-06-20 12:03:03
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