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山月不懂事新虫 (正式写手)
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[求助]
求助VASP做MD分子动力学是BOMD还是AIMD两者有什么区别？POTIM的设置问题
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刚做分子动力学，想看结构在特定温度下跑一段时间是否稳定。会不会散掉。看过一些MD方法的帖子，最多的是这个 http://blog.sciencenet.cn/blog-592012-775588.html 一、关于POTIM和NSW的取值有些不太明白。POTIM表示时间步长,单位fs, 通常1到3，但又看到有人设20的。NSW表示多少个时间步长。总的时间为NSW*POTIM。如果想跑10ps，下面两种参数设置，结果是否一样？ 1、POTIM = 10, NSW = 1000 2、POTIM = 1, NSW = 10000 二、如果想分别得到5ps,10ps后的结构，对于5ps的结构，应该跑10ps然后从XDATCAR中取第5000步时候的结构，还是单独跑5ps取最终结构？ 参考上面帖子的参数设置在机子上分别单独跑了一个 5ps 和 10ps 看结构，发现5ps的结果和从10ps里取第5000步时候的结构不同，很是疑惑？应该是相同的吧？ 三、看文献上计算分子动力学，有AIMD (Ab initio Molecular Dynamic)和BOMD (Born-Oppenheimer Molecular Dynamic)，不知道两者有什么区别？VASP做分子动力学应该是BOMD吧，想确定下。 http://muchong.com/t-2025615-1 |
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山月不懂事(漫天飘雪代发): 金币+2, 谢谢交流 2019-06-11 16:29:39
山月不懂事(漫天飘雪代发): 金币+2, 谢谢交流 2019-06-11 16:29:39
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一，步长太大，可能会有收敛性问题。二，动力学是做统计分析的，不是说看一个静止的结构。三，VASP是BOMD 发自小木虫Android客户端 |
2楼2019-06-04 00:49:03
山月不懂事
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您好，非常感谢您的回复，由于悬赏金币后，不够15个一直不能发帖回复，今天才可以回复您，非常感谢回复！ 想再追问下， 一、步长不取很大， 跑2ps，用不同 POTIM计算，1、POTIM = 1, NSW = 2000；和 2、POTIM = 2, NSW = 1000这样，结果一样吗？ 二、看到有文献做了分子动力学，取出不同时间下的结构（图片1），像您说的“动力学是做统计分析的，不是说看一个静止的结构”这样，是不是同时做两次相同的计算，跑相同的时间，比如说5ps，得到的瞬时的结构截图是不是就会不一样呢？ 再请教另外一个问题， 三、看文献图片2做的二维材料BiI3的分子动力学看结构的稳定性 1、看能量的变化，total potential energy 是指的VASP计算的后的总能E0吗？ 2、初始1000fs内，能量变化还是挺大的，是说这个时间内结构不太稳定吗？还是说这是热浴过程，初始1ps内都会变化大？ 3、整个MD过程中，能量有震荡，不同温度下震荡的幅度不同，这个幅度在什么范围内可以接受？图片3是我做的MD的能量，是不是能量震荡的有点大？ 很多理论知识不熟悉，问题有些多，再次感谢您的回复   图片1.png  图片2.png  图片3.png |
3楼2019-06-06 16:51:19
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