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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » AIMD计算扩散求助
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up12

新虫 (正式写手)
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AIMD计算扩散求助
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请问一下各位大佬，用AIMD计算扩散时内部原子的运动有规律吗？

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1楼 2019-05-12 16:30:01
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up12

新虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by iamikaruk at 2019-05-13 18:45:40
有的，沿着不同路径的激活能不同，扩散的hopping rate也不同，统计上是有规律的，而不是完全的布朗运动。...

还想请问一下，处理得到的msd文件用origin打开后第一列是X轴，第五列是平均值，第二到四节分别是跃动原子的x y z 轴的值吗？

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17楼2019-05-13 20:58:26
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lixiaowei

银虫 (小有名气)
★
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请教一下，AIMD研究扩散，MSD是怎么计算的？你自己写的代码还是用的其它软件？谢谢！

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12楼2019-05-12 19:35:36
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up12

新虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by lixiaowei at 2019-05-12 19:35:36
请教一下，AIMD研究扩散，MSD是怎么计算的？你自己写的代码还是用的其它软件？谢谢！

MSD是同门搞出来的在VASP上的一个处理模块，具体怎么搞出来的我也不清楚  好像用python 这个软件也可以  但是具体我还是不清楚

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13楼2019-05-12 20:14:43
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你想问的规律是指什么？可以用van Hove correlation function分析一下
另外处理msd有很多软件，比如说vmd，wxdragon，pymatgen
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up12 小菜硕一枚
14楼2019-05-13 13:48:28
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hdchina20102楼
2019-05-12 16:32   回复  
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zfpd27663楼
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困困的黄瓜4楼
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小虫子爱学习5楼
2019-05-12 16:36   回复  
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wangzihan2186楼
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tzynew7楼
2019-05-12 16:37   回复  
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longwave8楼
2019-05-12 16:39   回复  
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dzxylxm9楼
2019-05-12 16:40   回复  
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筱懿灵轩10楼
2019-05-12 16:42   回复  
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秋土豆香11楼
2019-05-12 16:48   回复  
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