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up12

新虫 (正式写手)
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AIMD计算扩散求助
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请问一下各位大佬，用AIMD计算扩散时内部原子的运动有规律吗？

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1楼 2019-05-12 16:30:01
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up12

新虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by lixiaowei at 2019-05-12 19:35:36
请教一下，AIMD研究扩散，MSD是怎么计算的？你自己写的代码还是用的其它软件？谢谢！

MSD是同门搞出来的在VASP上的一个处理模块，具体怎么搞出来的我也不清楚  好像用python 这个软件也可以  但是具体我还是不清楚

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13楼2019-05-12 20:14:43
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你想问的规律是指什么？可以用van Hove correlation function分析一下
另外处理msd有很多软件，比如说vmd，wxdragon，pymatgen
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up12 小菜硕一枚
14楼2019-05-13 13:48:28
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meihong11

新虫 (初入文坛)
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楼主，能分享一下AIMD的INCAR吗？想算一下，不过没找到相关学习资料，谢谢
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21楼2019-09-15 15:46:18
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lixiaowei

银虫 (小有名气)
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请教一下，AIMD研究扩散，MSD是怎么计算的？你自己写的代码还是用的其它软件？谢谢！

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12楼2019-05-12 19:35:36
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up12

新虫 (正式写手)
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引用回帖:
14楼: Originally posted by iamikaruk at 2019-05-13 13:48:28
你想问的规律是指什么？可以用van Hove correlation function分析一下
另外处理msd有很多软件，比如说vmd，wxdragon，pymatgen

谢谢您的回答!老师的意思是，想看AIMD和NEB运动原子扩散路径有没有区别。或者说 总结AIMD中原子扩散路径和规律。我人工看了很久，太多原子觉得毫无头绪。所以想问AIMD中原子扩散一定有规律吗？难道不是为了寻找最终体系平衡态所以做出无规则运动吗？

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15楼2019-05-13 16:16:01
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
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15楼: Originally posted by up12 at 2019-05-13 16:16:01
谢谢您的回答!老师的意思是，想看AIMD和NEB运动原子扩散路径有没有区别。或者说 总结AIMD中原子扩散路径和规律。我人工看了很久，太多原子觉得毫无头绪。所以想问AIMD中原子扩散一定有规律吗？难道不是为了寻找最终 ...

有的，沿着不同路径的激活能不同，扩散的hopping rate也不同，统计上是有规律的，而不是完全的布朗运动。
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16楼2019-05-13 18:45:40
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up12

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16楼: Originally posted by iamikaruk at 2019-05-13 18:45:40
有的，沿着不同路径的激活能不同，扩散的hopping rate也不同，统计上是有规律的，而不是完全的布朗运动。...

还想请问一下，处理得到的msd文件用origin打开后第一列是X轴，第五列是平均值，第二到四节分别是跃动原子的x y z 轴的值吗？

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17楼2019-05-13 20:58:26
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
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17楼: Originally posted by up12 at 2019-05-13 20:58:26
还想请问一下，处理得到的msd文件用origin打开后第一列是X轴，第五列是平均值，第二到四节分别是跃动原子的x y z 轴的值吗？
...

用什么处理的？一般就是x y z轴的分量
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up12
18楼2019-05-13 22:38:42
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up12

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18楼: Originally posted by iamikaruk at 2019-05-13 22:38:42
用什么处理的？一般就是x y z轴的分量...

用的msd.py处理的

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19楼2019-05-14 08:59:22
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iamikaruk

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19楼: Originally posted by up12 at 2019-05-14 08:59:22
用的msd.py处理的
...

不太清楚，画图出来看看就知道了
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20楼2019-05-14 11:13:52
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小菜硕一枚

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14楼: Originally posted by iamikaruk at 2019-05-13 13:48:28
你想问的规律是指什么？可以用van Hove correlation function分析一下
另外处理msd有很多软件，比如说vmd，wxdragon，pymatgen

您好，请问van Hove correlation function是软件还是什么。我看文献里看见这个函数图了，不知道怎么做出来

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22楼2023-04-17 10:47:02
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小菜硕一枚

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14楼: Originally posted by iamikaruk at 2019-05-13 13:48:28
你想问的规律是指什么？可以用van Hove correlation function分析一下
另外处理msd有很多软件，比如说vmd，wxdragon，pymatgen

你好van Hove correlation function是软件吗，可以讲解一下吗，我在网上没有找到这方面的资料。我给您发了私信，麻烦您看一下
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23楼2023-04-17 19:49:18
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hdchina20102楼
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zfpd27663楼
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小虫子爱学习5楼
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wangzihan2186楼
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tzynew7楼
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longwave8楼
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dzxylxm9楼
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筱懿灵轩10楼
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秋土豆香11楼
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