应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » AIMD计算扩散求助
231/1返回列表
查看: 4387  |  回复: 22
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

up12

新虫 (正式写手)
已领完
AIMD计算扩散求助
领取红包 (小木虫手机app专属红包)

扫一扫，下载小木虫客户端

请问一下各位大佬，用AIMD计算扩散时内部原子的运动有规律吗？

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2019-05-12 16:30:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

up12

新虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by lixiaowei at 2019-05-12 19:35:36
请教一下，AIMD研究扩散，MSD是怎么计算的？你自己写的代码还是用的其它软件？谢谢！

MSD是同门搞出来的在VASP上的一个处理模块，具体怎么搞出来的我也不清楚  好像用python 这个软件也可以  但是具体我还是不清楚

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
13楼2019-05-12 20:14:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你想问的规律是指什么？可以用van Hove correlation function分析一下
另外处理msd有很多软件，比如说vmd，wxdragon，pymatgen
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

up12 小菜硕一枚
14楼2019-05-13 13:48:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

meihong11

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，能分享一下AIMD的INCAR吗？想算一下，不过没找到相关学习资料，谢谢
赞一下(1人) 回复此楼
21楼2019-09-15 15:46:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lixiaowei

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请教一下，AIMD研究扩散，MSD是怎么计算的？你自己写的代码还是用的其它软件？谢谢！

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
12楼2019-05-12 19:35:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

up12

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
14楼: Originally posted by iamikaruk at 2019-05-13 13:48:28
你想问的规律是指什么？可以用van Hove correlation function分析一下
另外处理msd有很多软件，比如说vmd，wxdragon，pymatgen

谢谢您的回答!老师的意思是，想看AIMD和NEB运动原子扩散路径有没有区别。或者说 总结AIMD中原子扩散路径和规律。我人工看了很久，太多原子觉得毫无头绪。所以想问AIMD中原子扩散一定有规律吗？难道不是为了寻找最终体系平衡态所以做出无规则运动吗？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
15楼2019-05-13 16:16:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
15楼: Originally posted by up12 at 2019-05-13 16:16:01
谢谢您的回答!老师的意思是，想看AIMD和NEB运动原子扩散路径有没有区别。或者说 总结AIMD中原子扩散路径和规律。我人工看了很久，太多原子觉得毫无头绪。所以想问AIMD中原子扩散一定有规律吗？难道不是为了寻找最终 ...

有的，沿着不同路径的激活能不同，扩散的hopping rate也不同，统计上是有规律的，而不是完全的布朗运动。
赞一下 回复此楼
16楼2019-05-13 18:45:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

up12

新虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by iamikaruk at 2019-05-13 18:45:40
有的，沿着不同路径的激活能不同，扩散的hopping rate也不同，统计上是有规律的，而不是完全的布朗运动。...

还想请问一下，处理得到的msd文件用origin打开后第一列是X轴，第五列是平均值，第二到四节分别是跃动原子的x y z 轴的值吗？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
17楼2019-05-13 20:58:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
17楼: Originally posted by up12 at 2019-05-13 20:58:26
还想请问一下，处理得到的msd文件用origin打开后第一列是X轴，第五列是平均值，第二到四节分别是跃动原子的x y z 轴的值吗？
...

用什么处理的？一般就是x y z轴的分量
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

up12
18楼2019-05-13 22:38:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

up12

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
18楼: Originally posted by iamikaruk at 2019-05-13 22:38:42
用什么处理的？一般就是x y z轴的分量...

用的msd.py处理的

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
19楼2019-05-14 08:59:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
19楼: Originally posted by up12 at 2019-05-14 08:59:22
用的msd.py处理的
...

不太清楚，画图出来看看就知道了
赞一下 回复此楼
20楼2019-05-14 11:13:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小菜硕一枚

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
14楼: Originally posted by iamikaruk at 2019-05-13 13:48:28
你想问的规律是指什么？可以用van Hove correlation function分析一下
另外处理msd有很多软件，比如说vmd，wxdragon，pymatgen

您好，请问van Hove correlation function是软件还是什么。我看文献里看见这个函数图了，不知道怎么做出来

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
22楼2023-04-17 10:47:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小菜硕一枚

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
14楼: Originally posted by iamikaruk at 2019-05-13 13:48:28
你想问的规律是指什么？可以用van Hove correlation function分析一下
另外处理msd有很多软件，比如说vmd，wxdragon，pymatgen

你好van Hove correlation function是软件吗，可以讲解一下吗，我在网上没有找到这方面的资料。我给您发了私信，麻烦您看一下
赞一下 回复此楼
23楼2023-04-17 19:49:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
hdchina20102楼
2019-05-12 16:32   回复  
up12(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
zfpd27663楼
2019-05-12 16:33   回复  
up12(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
困困的黄瓜4楼
2019-05-12 16:34   回复  
up12(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
小虫子爱学习5楼
2019-05-12 16:36   回复  
up12(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
wangzihan2186楼
2019-05-12 16:37   回复  
up12(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
tzynew7楼
2019-05-12 16:37   回复  
up12(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
longwave8楼
2019-05-12 16:39   回复  
up12(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
dzxylxm9楼
2019-05-12 16:40   回复  
up12(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
筱懿灵轩10楼
2019-05-12 16:42   回复  
up12(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
秋土豆香11楼
2019-05-12 16:48   回复  
up12(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
相关版块跳转 我要订阅楼主 up12 的主题更新
231/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +8 一鸭鸭哟 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:35 by 沐霖12138
[考研] 326求调剂 +4 诺贝尔化学奖觊� 2026-03-15 7/350 2026-03-16 17:11 by 诺贝尔化学奖觊�
[考研] 一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂 +5 Liwangman 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:10 by 我的船我的海
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +5 d如愿上岸 2026-03-12 8/400 2026-03-16 15:19 by peike
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +6 RuitingC 2026-03-12 6/300 2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[考研] 326求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-15 3/150 2026-03-16 07:33 by Iveryant
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化，一志愿：哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +5 Becho359 2026-03-11 5/250 2026-03-14 11:35 by 哦哦123
[考研] 279求调剂 +3 抓着星星的女孩 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:47 by userper
[考研] （081700）化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 26调剂/材料科学与工程/总分295/求收留 +9 2026调剂侠 2026-03-12 9/450 2026-03-13 20:46 by 18595523086
[考研] 工科调剂 +4 Jiang191123！ 2026-03-11 4/200 2026-03-13 15:15 by Miko19
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
[考研] 274求调剂0856材料化工 +12 z2839474511 2026-03-11 13/650 2026-03-13 10:39 by peike
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
[考研] 调剂 +5 呵唔哦豁 2026-03-10 5/250 2026-03-10 22:00 by 28375m
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭