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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » AIMD计算扩散求助
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up12

新虫 (正式写手)
已领完
AIMD计算扩散求助
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请问一下各位大佬，用AIMD计算扩散时内部原子的运动有规律吗？

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1楼2019-05-12 16:30:01
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
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你想问的规律是指什么？可以用van Hove correlation function分析一下
另外处理msd有很多软件，比如说vmd，wxdragon，pymatgen
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up12 小菜硕一枚
14楼2019-05-13 13:48:28
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
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15楼: Originally posted by up12 at 2019-05-13 16:16:01
谢谢您的回答!老师的意思是，想看AIMD和NEB运动原子扩散路径有没有区别。或者说 总结AIMD中原子扩散路径和规律。我人工看了很久，太多原子觉得毫无头绪。所以想问AIMD中原子扩散一定有规律吗？难道不是为了寻找最终 ...

有的，沿着不同路径的激活能不同，扩散的hopping rate也不同，统计上是有规律的，而不是完全的布朗运动。
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16楼2019-05-13 18:45:40
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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17楼: Originally posted by up12 at 2019-05-13 20:58:26
还想请问一下，处理得到的msd文件用origin打开后第一列是X轴，第五列是平均值，第二到四节分别是跃动原子的x y z 轴的值吗？
...

用什么处理的？一般就是x y z轴的分量
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up12
18楼2019-05-13 22:38:42
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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19楼: Originally posted by up12 at 2019-05-14 08:59:22
用的msd.py处理的
...

不太清楚，画图出来看看就知道了
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20楼2019-05-14 11:13:52
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