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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 转data文件
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S-Loser

新虫 (正式写手)
已领完
转data文件
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1  我在MS里面建好模型后，转出pdb文件，再用VMD转data文件，得到的data文件里面没有键角和二面角信息我模拟的是材料的力学性能，模型的键角信息在data文件里应该要有吧。
2  大家在做分子动力学模拟的时候，有遇到过描述极化作用的势函数吗？

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1楼 2019-04-02 20:22:35
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lwd19831217

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我是做大分子的，按说和你差距很远，拿了你红包不说两句不好意思，pdb文件里面只有不同原子的位置，除了缺省的氨基酸外，其他小分子都要有个cif档案专门放键长键角啥的，您去看看ms里面有没有描述，如果是比较小的结构，我们一般用prodrg服务器上去画一下小分子，就会能生成带信息的文件了。

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9楼2019-04-02 20:40:00
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S-Loser

新虫 (正式写手)
好的，谢谢你，好人

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11楼2019-04-02 21:05:46
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红莉栖y

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
要通过别的方式获得有键和角的data文件，vmd直接转的就是只有坐标信息
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12楼2019-09-02 19:09:11
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kevin_lt77

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问你的第1个问题解决了吗？谢谢
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13楼2020-03-10 06:39:00
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lwd198312177楼
2019-04-02 20:34   回复  
S-Loser(金币+5): 谢谢参与
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tzynew3楼
2019-04-02 20:26   回复  
S-Loser(金币+3): 谢谢参与
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Nater1ver10楼
2019-04-02 20:40   回复  
S-Loser(金币+1): 谢谢参与
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hdchina20102楼
2019-04-02 20:22   回复  
S-Loser(金币+2): 谢谢参与
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dlli20148楼
2019-04-02 20:36   回复  
S-Loser(金币+2): 谢谢参与
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gytxiaozi4楼
2019-04-02 20:26   回复  
S-Loser(金币+2): 谢谢参与
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ri3yue36楼
2019-04-02 20:33   回复  
S-Loser(金币+4): 谢谢参与
已获得4个金币 发自小木虫Android客户端
Mr.LZP5楼
2019-04-02 20:26   回复  
S-Loser(金币+1): 谢谢参与
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