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S-Loser

新虫 (正式写手)


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1  我在MS里面建好模型后,转出pdb文件,再用VMD转data文件,得到的data文件里面没有键角和二面角信息我模拟的是材料的力学性能,模型的键角信息在data文件里应该要有吧。
2  大家在做分子动力学模拟的时候,有遇到过描述极化作用的势函数吗?

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红莉栖y

铁虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
要通过别的方式获得有键和角的data文件,vmd直接转的就是只有坐标信息
12楼2019-09-02 19:09:11
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lwd19831217

木虫 (著名写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我是做大分子的,按说和你差距很远,拿了你红包不说两句不好意思,pdb文件里面只有不同原子的位置,除了缺省的氨基酸外,其他小分子都要有个cif档案专门放键长键角啥的,您去看看ms里面有没有描述,如果是比较小的结构,我们一般用prodrg服务器上去画一下小分子,就会能生成带信息的文件了。

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9楼2019-04-02 20:40:00
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S-Loser

新虫 (正式写手)


好的,谢谢你,好人

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11楼2019-04-02 21:05:46
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kevin_lt77

铁虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问你的第1个问题解决了吗?谢谢
13楼2020-03-10 06:39:00
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简单回复
2019-04-02 20:34   回复  
S-Loser(金币+5): 谢谢参与
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tzynew3楼
2019-04-02 20:26   回复  
S-Loser(金币+3): 谢谢参与
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Nater1ver10楼
2019-04-02 20:40   回复  
S-Loser(金币+1): 谢谢参与
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2019-04-02 20:22   回复  
S-Loser(金币+2): 谢谢参与
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dlli20148楼
2019-04-02 20:36   回复  
S-Loser(金币+2): 谢谢参与
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gytxiaozi4楼
2019-04-02 20:26   回复  
S-Loser(金币+2): 谢谢参与
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ri3yue36楼
2019-04-02 20:33   回复  
S-Loser(金币+4): 谢谢参与
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Mr.LZP5楼
2019-04-02 20:26   回复  
S-Loser(金币+1): 谢谢参与
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