应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 转data文件
131/1返回列表
查看: 2084  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

S-Loser

新虫 (正式写手)
已领完
转data文件
领取红包 (小木虫手机app专属红包)

扫一扫，下载小木虫客户端

1  我在MS里面建好模型后，转出pdb文件，再用VMD转data文件，得到的data文件里面没有键角和二面角信息我模拟的是材料的力学性能，模型的键角信息在data文件里应该要有吧。
2  大家在做分子动力学模拟的时候，有遇到过描述极化作用的势函数吗？

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学-初级问题资源

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2019-04-02 20:22:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lwd19831217

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我是做大分子的，按说和你差距很远，拿了你红包不说两句不好意思，pdb文件里面只有不同原子的位置，除了缺省的氨基酸外，其他小分子都要有个cif档案专门放键长键角啥的，您去看看ms里面有没有描述，如果是比较小的结构，我们一般用prodrg服务器上去画一下小分子，就会能生成带信息的文件了。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
9楼2019-04-02 20:40:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

S-Loser

新虫 (正式写手)
好的，谢谢你，好人

发自小木虫Android客户端
回复此楼
11楼2019-04-02 21:05:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红莉栖y

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
要通过别的方式获得有键和角的data文件，vmd直接转的就是只有坐标信息
赞一下 回复此楼
12楼2019-09-02 19:09:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kevin_lt77

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
请问你的第1个问题解决了吗？谢谢
赞一下 回复此楼
13楼2020-03-10 06:39:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
hdchina20102楼
2019-04-02 20:22   回复  
S-Loser(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫IOS客户端
tzynew3楼
2019-04-02 20:26   回复  
S-Loser(金币+3): 谢谢参与
已获得3个金币 发自小木虫Android客户端
gytxiaozi4楼
2019-04-02 20:26   回复  
S-Loser(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫Android客户端
Mr.LZP5楼
2019-04-02 20:26   回复  
S-Loser(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
ri3yue36楼
2019-04-02 20:33   回复  
S-Loser(金币+4): 谢谢参与
已获得4个金币 发自小木虫Android客户端
lwd198312177楼
2019-04-02 20:34   回复  
S-Loser(金币+5): 谢谢参与
已获得5个金币 发自小木虫Android客户端
dlli20148楼
2019-04-02 20:36   回复  
S-Loser(金币+2): 谢谢参与
已获得2个金币 发自小木虫Android客户端
Nater1ver10楼
2019-04-02 20:40   回复  
S-Loser(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
相关版块跳转 我要订阅楼主 S-Loser 的主题更新
131/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +11 羊腰板 2026-08-21 11/550 2026-08-22 22:03 by lsbin3733
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 zjuhero 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 8/400 2026-08-22 18:29 by 淀粉搬运工
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +11 大萍1987 2026-08-20 13/650 2026-08-21 14:48 by 20120902066
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭