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15645016370银虫 (正式写手)
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[求助]
求高人指点DFT模拟反应机理已有1人参与
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| 本人想用DFT计算模拟我的反应过程，对于初学者的我来说，有很多不会，老师下达的任务比较紧迫，不求能学的多精，望能有人指点下，协助我算出来，画出能垒图就好，本人将不胜感激，必有重谢！ |
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 分子动力学模拟 |
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15645016370
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4楼2019-03-23 11:12:41
15645016370
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2楼2019-03-23 08:58:26
paramecium86
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【答案】应助回帖
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只是DFT计算的话 那就用高斯就可以。 计算反应机理给出反应路径 是一套计算 需要不少计算方面的知识。 算反应路径基本的思路是对反应路径上的反应物， 各个intermediate和各个TS，和 产物 进行结构优化和振动频率计算，这样就会得到所有这些结构的能量（E，H 或者 G）。然后就能计算出能垒 所以在算之前需要大概知道这条路径大概是什么样子。然后再针对每个结构进行优化。 要完成一个反应机理的计算最基本的需要知道以下几种类型的高斯的计算方法 1. 几何优化 频率计算 , 关键词是OPT FREQ 这主要针对 反应物 产物 和 intermediate 2. 过渡态结构优化 和频率计算 关键词 OPT=TS FREQ 3. IRC 计算，这是用来验证TS是否准确。验证某个TS是否是想要的这条反应路径上的那个TS 4. 柔性扫描 可以帮助你找到过渡态 |
3楼2019-03-23 10:03:58
paramecium86
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最最general的步骤大体上如下 1. 对反应路径上所有预设的反应物 产物 intermediate （这三种用OPT FREQ命令）和 TS （这个用OPT=TS FREQ）做结构优化和频率计算。要至少确保反应物 产物 intermediate 没有虚频。而TS有且仅有一个虚频。频率计算成功后会给出相应结构的 H G 或者零点能。就看你需要用哪个量了 2. 如果第一步一切顺利。那就需要用IRC对所有TS进行验证。确保 IRC计算后 每一个TS在你这条反应路径上 3. 如果第二步也顺利 那就可以用计算中得到的 能量 来计算能垒了。 上述步骤中一般TS不容易算出来。算出来也不一定是想要的TS。 如果一开始算不出合适TS,就需要根据那个TS两侧确定好的intermediate的结构来进行 柔性扫描或者QST运算来帮助确定TS的结构。 |
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156450163705楼2019-03-23 14:25:25
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