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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 求高人指点DFT模拟反应机理
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15645016370

银虫 (正式写手)

[求助] 求高人指点DFT模拟反应机理已有1人参与

本人想用DFT计算模拟我的反应过程，对于初学者的我来说，有很多不会，老师下达的任务比较紧迫，不求能学的多精，望能有人指点下，协助我算出来，画出能垒图就好，本人将不胜感激，必有重谢！
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1楼2019-03-23 08:12:05
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15645016370

银虫 (正式写手)
本人邮箱：339320675@qq.com 微信是前面数字
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2楼2019-03-23 08:58:26
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15645016370

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-23 10:03:58
只是DFT计算的话 那就用高斯就可以。

计算反应机理给出反应路径 是一套计算 需要不少计算方面的知识。

算反应路径基本的思路是对反应路径上的反应物， 各个intermediate和各个TS，和 产物 进行结构优化和振动 ...

可以指点下计算能垒的具体步骤吗？方便的话加下我的Vx
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4楼2019-03-23 11:12:41
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15645016370

银虫 (正式写手)
送红花一朵
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5楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-23 14:25:25
最最general的步骤大体上如下
1. 对反应路径上所有预设的反应物 产物 intermediate （这三种用OPT FREQ命令）和 TS （这个用OPT=TS  FREQ）做结构优化和频率计算。要至少确保反应物 产物 intermediate 没有虚频。而 ...

感谢您的应助，如果1.2两步都顺利的话，可以详细介绍下能垒的计算步骤吗？不胜感激！
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6楼2019-03-23 15:18:22
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15645016370

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-24 15:04:59
在第一步第二步都顺利完成的情况下那这样就会得到一系列反应物产物中间体和过渡态的能量。
一般而言 举个例子 比如一个反应A和B 反应经过过渡态生成 C和 D  
A+B----》TS---》C + D
假如已经优化所有A B TS C D ...

非常感谢您的讲解我现在的工作正在优化TS的结构。接下来的工作如再遇到困难，还望版主能慷慨相助，多加指导。

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11楼2019-03-25 00:51:10
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15645016370

银虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-24 15:04:59
在第一步第二步都顺利完成的情况下那这样就会得到一系列反应物产物中间体和过渡态的能量。
一般而言 举个例子 比如一个反应A和B 反应经过过渡态生成 C和 D  
A+B----》TS---》C + D
假如已经优化所有A B TS C D ...

您好，下面这两个图是我对反应物果糖分别进行了优化和单点能的计算。可以讲解下它的△G是怎么计算的？怎么进行零点能矫正？
求高人指点DFT模拟反应机理
IMG_4387.JPG


求高人指点DFT模拟反应机理-1
IMG_4388.JPG
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12楼2019-03-28 19:30:41
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15645016370

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-28 23:48:02
如图所示的地方就是 零点能 和 这个分子的吉布斯自由能。不同物质间的零点能 或者吉布斯能相减 就是 △E 和 △G

1.jpg
...

1、你好那么单点能是用来做什么的呢？
2、我用过渡态的G-反应物G的和，这个△G就是反应能垒的△G了吧？
3、现在的G的单位是Hartree，按照文献上所说，单位应该换算成Kcal/mol。我初步算了下，我的△G是2.5Hartree，如果换算成Kcal/mol，那我的能垒岂不是好大好大？
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14楼2019-03-29 08:25:55
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15645016370

银虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-29 11:31:23
1.所谓单点能 就是计算分子的电子能量。需要通过进一步的计算才可以得到各种热力学量。但是这个单点能是最基础的。所有热力学量都是以这个能量作为基础的。
2. 对的
3. 这个能垒是太大了。反应物和过渡态 原子数 ...

我的反应就是用离子液体对果糖进行三步脱水反应生成5-羟甲基糠醛。现在第一步脱水反应的过渡态，就是把果糖和离子液体连接起来吧？还没涉及水的生成，对么？

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16楼2019-03-29 12:02:20
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15645016370

银虫 (正式写手)
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17楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-29 13:06:25
从描述来看 过程是这样。不过还是得看到具体TS ，反应物的计算文件 才好做判断...

是输出文件.log吗？
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18楼2019-03-29 14:23:11
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15645016370

银虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-03-29 14:24:02
嗯 是的...

需要看哪？还是上图我发的那样吗？我回去给您找下，您帮我分析分析呗！
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20楼2019-03-29 14:48:43
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