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【求助】虚原子的top文件的建立
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大家好！我现在应用"Cationic dummy atom“方法来模拟含有Zn2+的蛋白质。但是在top文件的建立中有问题请教大家： 这是手册中关于4fd模型的例子 [ virtual sites4 ] ; Site from funct a b d 5 1 2 3 4 1 0.33333 0.33333 -0.105 我猜测后面的参数a b d 是根据公式计算出来的参数，而d是模型中用到的距离c，但是不明白为什么慧出现负值呢？另外，a 和b 参数该如何计算呢？还有，site对应的值都是5，它代表什么呢？ 谢谢大家！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:01 ] |
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