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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】虚原子的top文件的建立
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xiaoling0523

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】虚原子的top文件的建立

大家好！我现在应用"Cationic dummy atom“方法来模拟含有Zn2+的蛋白质。但是在top文件的建立中有问题请教大家：
这是手册中关于4fd模型的例子
[ virtual sites4 ]
; Site from funct a b d
5 1 2 3 4 1 0.33333 0.33333 -0.105
我猜测后面的参数a b d 是根据公式计算出来的参数，而d是模型中用到的距离c，但是不明白为什么慧出现负值呢？另外，a 和b 参数该如何计算呢？还有，site对应的值都是5，它代表什么呢？
谢谢大家！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:01 ]
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1楼 2009-05-13 21:46:27
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q！ 5-14 15:08
site 5
from 1 2 3 4
funct 1
a 0.333333
b 0.333333
d -0.105

这样理解应该差不多吧。负值也不难理解，正和负可能是表示方向（虚原子出现在哪一侧）。基于对称性我觉得0.333333的值不用改。其实最简单的方法就是LZ改动一下d值，跑一步md，再用vmd看看虚原子的位置。
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2楼2009-05-13 23:00:07
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xiaoling0523

木虫 (小有名气)

谢谢！

谢谢回复！您的理解是对的，我查到手册上的说明了。但是还有一个问题，我的模型是一个ZN2+和周围的四个虚原子，不知道我的这个模型的参数该如何确立？
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3楼2009-05-15 10:00:18
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armeria

铁虫 (初入文坛)
我对您说的Cationic dummy atom不熟，您能简单介绍一下什么是Cationic dummy atom吗？谢谢。
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4楼2009-05-17 02:34:00
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xiaoling0523

木虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-21 10:54
我理解的是：锌离子的周围加上四个虚原子，每个虚原子带0.5个电荷，质量为零，锌离子不带电，也就是用锌离子的四面体构型代替锌离子，用四个虚原子来表示锌离子的四面体构型的空轨道。不知道我理解是否正确。
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5楼2009-05-20 19:43:30
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armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-24 13:03
谢谢您的解释，我觉得您说的基本上是正确的，不过我觉得让虚原子带零质量可能会有问题，因为模拟中是要用牛顿力学的，零质量的粒子计算出来的加速度会有问题，所以可能还是稍微给虚原子分一点点质量比较好。
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6楼2009-05-23 00:40:52
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