应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】虚原子的top文件的建立
51/1返回列表
查看: 753  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xiaoling0523

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】虚原子的top文件的建立

大家好！我现在应用"Cationic dummy atom“方法来模拟含有Zn2+的蛋白质。但是在top文件的建立中有问题请教大家：
这是手册中关于4fd模型的例子
[ virtual sites4 ]
; Site from funct a b d
5 1 2 3 4 1 0.33333 0.33333 -0.105
我猜测后面的参数a b d 是根据公式计算出来的参数，而d是模型中用到的距离c，但是不明白为什么慧出现负值呢？另外，a 和b 参数该如何计算呢？还有，site对应的值都是5，它代表什么呢？
谢谢大家！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:01 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-05-13 21:46:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoling0523

木虫 (小有名气)

谢谢！

谢谢回复！您的理解是对的，我查到手册上的说明了。但是还有一个问题，我的模型是一个ZN2+和周围的四个虚原子，不知道我的这个模型的参数该如何确立？
赞一下 回复此楼
3楼2009-05-15 10:00:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

recoli

金虫 (正式写手)
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q！ 5-14 15:08
site 5
from 1 2 3 4
funct 1
a 0.333333
b 0.333333
d -0.105

这样理解应该差不多吧。负值也不难理解，正和负可能是表示方向（虚原子出现在哪一侧）。基于对称性我觉得0.333333的值不用改。其实最简单的方法就是LZ改动一下d值，跑一步md，再用vmd看看虚原子的位置。
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2009-05-13 23:00:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

armeria

铁虫 (初入文坛)
我对您说的Cationic dummy atom不熟，您能简单介绍一下什么是Cationic dummy atom吗？谢谢。
赞一下 回复此楼
4楼2009-05-17 02:34:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoling0523

木虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-21 10:54
我理解的是：锌离子的周围加上四个虚原子，每个虚原子带0.5个电荷，质量为零，锌离子不带电，也就是用锌离子的四面体构型代替锌离子，用四个虚原子来表示锌离子的四面体构型的空轨道。不知道我理解是否正确。
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2009-05-20 19:43:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-11 04:21 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:07 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 03:59 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 03:56 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:32 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-11 00:59 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 4/200 2026-11-10 20:51 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-10 20:45 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-10 20:12 by Z7qfCsdIiD1T
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 15/750 2026-11-09 13:19 by Equinoxhua
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 16/800 2026-11-09 11:47 by GwrQVVR6Oenx
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 12/600 2026-11-09 06:32 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭