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xiaoling0523

木虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】虚原子的top文件的建立

大家好！我现在应用"Cationic dummy atom“方法来模拟含有Zn2+的蛋白质。但是在top文件的建立中有问题请教大家：
这是手册中关于4fd模型的例子
[ virtual sites4 ]
; Site from funct a b d
5 1 2 3 4 1 0.33333 0.33333 -0.105
我猜测后面的参数a b d 是根据公式计算出来的参数，而d是模型中用到的距离c，但是不明白为什么慧出现负值呢？另外，a 和b 参数该如何计算呢？还有，site对应的值都是5，它代表什么呢？
谢谢大家！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:01 ]

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1楼 2009-05-13 21:46:27

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xiaoling0523

木虫 (小有名气)

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谢谢！

谢谢回复！您的理解是对的，我查到手册上的说明了。但是还有一个问题，我的模型是一个ZN2+和周围的四个虚原子，不知道我的这个模型的参数该如何确立？

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3楼2009-05-15 10:00:18

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recoli

金虫 (正式写手)

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★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q！ 5-14 15:08

site 5
from 1 2 3 4
funct 1
a 0.333333
b 0.333333
d -0.105

这样理解应该差不多吧。负值也不难理解，正和负可能是表示方向（虚原子出现在哪一侧）。基于对称性我觉得0.333333的值不用改。其实最简单的方法就是LZ改动一下d值，跑一步md，再用vmd看看虚原子的位置。

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2楼2009-05-13 23:00:07

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