gauss view构建分子说明部分 - 量子化学 - Gaussian - 小木虫论坛-学术科研互动平台

杳浅墨

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不用看图一，图二坐标下面就是分子的连接关系，一般是没用的，可以不加！
除非计算大的二聚体怕优化后变形才使用！

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2楼2019-03-02 16:29:10

598878157

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哈哈

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8楼2019-03-02 18:02:05

paramecium86

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小红豆: 金币+20, 感谢交流 2019-03-06 08:40:54

这是两种不同的坐标系统。第一种是Z-matrix 内坐标。第二种是 Cartesian 坐标。
Cartesian坐标系统比较容易理解就是原子相对于原点的X Y Z坐标。
而Z-matrix 内坐标重在描述分子内各个原子的相对位置关系。
Z-matrix 如果自己来写的话也是要花一番功夫的。尤其是对于很大的分子。一个一个写是比较麻烦的。不过 z-matrix在算一些scan或者 relax scan的任务，或者说需要人为的规定并保证优化过程中不破坏分子的对称性的时候有奇效。
Z-matrix内坐标大概的写法就是先自己规定一个原子作为基准。写在第一行。比如楼主给的例子里的 C。
第二行第二个原子需要描述这个原子对于第一个原子的相对位置。此时第二个原子对于第一个原子只有距离一个变量。例子里第二行 H 1 R的意思就是  第二个原子是H 相对于第1个原子有个变量 R。
第三行低三个原子需要描述这个原子对于第一个第二个原子的相对位置。需要定义两个变量一个是距离一个是角度。 H 1 R 2 109.47122 的意思就是  对于第一个原子C相对距离依然是 R，（注意如果这里依然使用相同的R作为变量的名字，那潜在的意思就是  认为第三个原子 H 到第一个原子的距离严格等于第二个原子H到第一个原子的距离。那么在优化过程中高斯软件会一直让这个距离相等。要变一起变。所以内坐标对于某些情况比如需要严格定义对称性或者做一些scan或者柔性扫描的时候用z matrix 会比用 Cartesian坐标更加便利。）；除了距离还需要定义角度。2 109.47 的意思就是  角度3-1-2 是109.47，直接写数字而不是变量名字的意思就是这个角度不参与优化过程永远规定在109。47度。
第四行第四个原子除了需要规定距离角度还需要多规定一个二面角  ，例子里  H 1 R 2 109.47122 3 -120.0 意思就是二面角 4123 的角度是 -120。0度  从第四个原子之后每一个原子都要用距离角度二面角来定义。

那么对于一个分子来说一共就需要规定 3N-6个量去定义。

当然如果你不想自己写，那上面这堆其实可以不看

。毕竟高斯可以自己生成。而且高斯软件其实自己默认在程序运算时候默认使用的是 z matrix进行优化的。也就是即使你写了 cartesian坐标如果不可以规定必须用 cartesian坐标优化高斯程序内部会先转化 cartesian坐标为z matrix 再进行优化的。因为这样比较快。且更容易收敛。

用Gaussview自动生成 z matrix方法如下。
如果用的 Gaussview5 那就是画完分子结构设置好参数点击edit --save 之后界面左下角去掉勾选 wirte cartesian这个框。那生成的就是 z matrix坐标。见图1
如果用的Gaussview6 那就是画完分子结构在设置参数界面里选择 General 选项卡里面去掉勾选 write cartesian 这个选项。那就可以生成 z-matrix坐标。这时候在Preview标签卡里就能看到内坐标了。见图2

123.png

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学术帝

14楼2019-03-03 00:59:54

学术帝

禁虫 (小有名气)

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15楼2019-03-03 08:21:57

假大空

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16楼2019-03-03 08:57:21

paramecium86

版主 (著名写手)

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小红豆: 金币+5, 感谢交流 2019-03-06 08:41:19

引用回帖:

15楼: Originally posted by 学术帝 at 2019-03-02 19:21:57
太谢谢你了，介绍的很详细。这一点我自学的时候也有所了解。我还有一个疑问是用GV生成z-matrix坐标后想对其中的一些参数(比如键长或键角)规定常量或变量，那么是在生成的gif文件内手动修改还是在GV软件内修改?
...

生成 z-matrix的过程是高斯自动的过程所以很难控制。一般这类操作在gif内手动修改比较简便。

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19楼2019-03-03 11:24:48

简单回复

tzynew3楼

2019-03-02 16:37

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ysp18484楼

2019-03-02 16:55

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syhorchid5楼

2019-03-02 17:19

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敏敏的爸6楼

2019-03-02 17:45

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nono20097楼

2019-03-02 17:52

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xiaoqiuqiu209楼

2019-03-02 18:10

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youngen10楼

2019-03-02 18:14

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Biotage11楼

2019-03-02 18:21

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sz_kebaoyuan12楼

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slytjiaofei13楼

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江诗小周17楼

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Biotage18楼

2019-03-03 10:54

youngen20楼

2019-03-05 07:08

ckxbear21楼

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miaojiabing22楼

2019-03-06 07:59

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youngen23楼

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miaojiabing24楼

2019-03-08 08:17

YMQXcsy25楼

2019-03-17 22:54

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YMQXcsy26楼

2019-03-17 23:00

wzy13827楼

2019-10-01 00:57

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