| 查看: 747 | 回复: 10 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
socchu金虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】输入原子坐标比例不对
|
||
|
求助： 我是刚用CASTEP的新手，现在遇到了一个问题，希望好心人能帮忙解答一下： 我想计算BaCO3结构，但是建立晶胞，输入FIndit里面记录的原子坐标后，发现symmetry system 里显示的原子数比例不符合Ba：C：O=1：1：3关系， 请问这是否意味着原子坐标是错误的？能否利用这个结构计算BaCO3的结构？ 请帮助解答，多谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
职称评审没过，求安慰
已经有22人回复
-
申请26博士
已经有4人回复
-
垃圾破二本职称评审标准
已经有15人回复
-
投稿Elsevier的Neoplasia杂志，到最后选publishing options时页面空白，不能完成投稿
已经有20人回复
-
EST投稿状态问题
已经有7人回复
-
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦
已经有4人回复
-
聘U V热熔胶研究人员
已经有10人回复
-
求助文献
已经有3人回复
-
投稿返修后收到这样的回复，还有希望吗
已经有8人回复
-
三无产品还有机会吗
已经有6人回复
Minicheung
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 29 (小学生)
- 金币: 11935.6
- 散金: 50
- 红花: 2
- 帖子: 3261
- 在线: 161.2小时
- 虫号: 575569
- 注册: 2008-06-18
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
2楼2009-05-06 20:20:12
socchu
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1005.7
- 散金: 108
- 红花: 5
- 帖子: 611
- 在线: 237.9小时
- 虫号: 762844
- 注册: 2009-05-04
- 专业: 无机非金属类光电信息与功
3楼2009-05-06 20:46:06
socchu
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1005.7
- 散金: 108
- 红花: 5
- 帖子: 611
- 在线: 237.9小时
- 虫号: 762844
- 注册: 2009-05-04
- 专业: 无机非金属类光电信息与功
4楼2009-05-06 20:50:46
veryman
木虫 (正式写手)
$_$
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 6793.4
- 散金: 5673
- 红花: 6
- 帖子: 479
- 在线: 206.6小时
- 虫号: 77254
- 注册: 2005-06-28
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2009-05-07 07:37:35
socchu
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1005.7
- 散金: 108
- 红花: 5
- 帖子: 611
- 在线: 237.9小时
- 虫号: 762844
- 注册: 2009-05-04
- 专业: 无机非金属类光电信息与功
|
BaCO3归属于45-1471相，在Findit中可以找到两种对应的结构，分别是 1：The structure has been assigned a PDF number: 45-1471 Atom # OX SITE x y z SOF H Ba 1 +2 4 c 0.25 0.41631(5) 0.7549(2) 1. 0 C 1 +4 4 c 0.25 0.7570(12) -.0810(26) 1. 0 O 1 -2 4 c 0.25 0.9011(8) -.0878(19) 1. 0 O 2 -2 8 d 0.4595(10) 0.6839(6) -.0790(14) 1. 0 Vol 303.81 Z 4 Space Group P m c n SG Number 62 Cryst Sys orthorhombic Pearson oP20 2：Comments Compound with mineral name: Witherite The structure has been assigned a PDF number: 45-1471 Calculated density unusual but tolerable. No R value given in the paper. At least one temperature factor missing in the paper. Atom # OX SITE x y z SOF H Ba 1 +2 4 c 0.25 0.417 0.252 1. 0 C 1 +4 4 c 0.25 0.75 0.405 1. 0 O 1 -2 4 c 0.25 0.889 0.405 1. 0 O 2 -2 8 d 0.452 0.68 0.405 1. 0 Vol 303.84 Z 4 Space Group P m c n SG Number 62 Cryst Sys orthorhombic 我就是按照这两种结构去尝试，结果输入进去建模后所显示的比例都不对！ 不知道是不是Findit中的原子坐标是错误的还是其他的原因，？？ 很是困惑！！！ |
6楼2009-05-07 11:51:36
socchu
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1005.7
- 散金: 108
- 红花: 5
- 帖子: 611
- 在线: 237.9小时
- 虫号: 762844
- 注册: 2009-05-04
- 专业: 无机非金属类光电信息与功
7楼2009-05-07 17:33:30
veryman
木虫 (正式写手)
$_$
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 6793.4
- 散金: 5673
- 红花: 6
- 帖子: 479
- 在线: 206.6小时
- 虫号: 77254
- 注册: 2005-06-28
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
|
我按照ICSD的模型建了一个，很对啊~~ 图在附件~ ms导出的cif如下： data_3D\Atomistic _audit_creation_date 2009-05-08 _audit_creation_method 'Materials Studio' _symmetry_space_group_name_H-M 'PMCN' _symmetry_Int_Tables_number 62 _symmetry_cell_setting orthorhombic loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz x,y,z -x,y+1/2,-z+1/2 x+1/2,-y,-z -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 -x,-y,-z x,-y+1/2,z+1/2 -x+1/2,y,z x+1/2,y+1/2,-z+1/2 _cell_length_a 5.3126 _cell_length_b 8.8958 _cell_length_c 6.4284 _cell_angle_alpha 90.0000 _cell_angle_beta 90.0000 _cell_angle_gamma 90.0000 loop_ _atom_site_label _atom_site_type_symbol _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z _atom_site_U_iso_or_equiv _atom_site_adp_type _atom_site_occupancy O1 O 0.45950 0.68390 -0.07900 0.00000 Uiso 1.00 Ba2 Ba 0.25000 0.41631 0.75490 0.00000 Uiso 1.00 C3 C 0.25000 0.75700 -0.08100 0.00000 Uiso 1.00 O4 O 0.25000 0.90110 -0.08780 0.00000 Uiso 1.00 loop_ _geom_bond_atom_site_label_1 _geom_bond_atom_site_label_2 _geom_bond_distance _geom_bond_site_symmetry_2 _ccdc_geom_bond_type O1 C3 1.289 . S C3 O4 1.283 . S C3 O1 1.289 7 S [ Last edited by veryman on 2009-5-8 at 08:23 ] |
8楼2009-05-08 08:21:27
socchu
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1005.7
- 散金: 108
- 红花: 5
- 帖子: 611
- 在线: 237.9小时
- 虫号: 762844
- 注册: 2009-05-04
- 专业: 无机非金属类光电信息与功
9楼2009-05-08 12:11:53
veryman
木虫 (正式写手)
$_$
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 6793.4
- 散金: 5673
- 红花: 6
- 帖子: 479
- 在线: 206.6小时
- 虫号: 77254
- 注册: 2005-06-28
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
10楼2009-05-08 14:24:53