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socchu金虫 (正式写手)
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【求助】输入原子坐标比例不对
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求助： 我是刚用CASTEP的新手，现在遇到了一个问题，希望好心人能帮忙解答一下： 我想计算BaCO3结构，但是建立晶胞，输入FIndit里面记录的原子坐标后，发现symmetry system 里显示的原子数比例不符合Ba：C：O=1：1：3关系， 请问这是否意味着原子坐标是错误的？能否利用这个结构计算BaCO3的结构？ 请帮助解答，多谢！ |
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5楼2009-05-07 07:37:35
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BaCO3归属于45-1471相，在Findit中可以找到两种对应的结构，分别是 1：The structure has been assigned a PDF number: 45-1471 Atom # OX SITE x y z SOF H Ba 1 +2 4 c 0.25 0.41631(5) 0.7549(2) 1. 0 C 1 +4 4 c 0.25 0.7570(12) -.0810(26) 1. 0 O 1 -2 4 c 0.25 0.9011(8) -.0878(19) 1. 0 O 2 -2 8 d 0.4595(10) 0.6839(6) -.0790(14) 1. 0 Vol 303.81 Z 4 Space Group P m c n SG Number 62 Cryst Sys orthorhombic Pearson oP20 2：Comments Compound with mineral name: Witherite The structure has been assigned a PDF number: 45-1471 Calculated density unusual but tolerable. No R value given in the paper. At least one temperature factor missing in the paper. Atom # OX SITE x y z SOF H Ba 1 +2 4 c 0.25 0.417 0.252 1. 0 C 1 +4 4 c 0.25 0.75 0.405 1. 0 O 1 -2 4 c 0.25 0.889 0.405 1. 0 O 2 -2 8 d 0.452 0.68 0.405 1. 0 Vol 303.84 Z 4 Space Group P m c n SG Number 62 Cryst Sys orthorhombic 我就是按照这两种结构去尝试，结果输入进去建模后所显示的比例都不对！ 不知道是不是Findit中的原子坐标是错误的还是其他的原因，？？ 很是困惑！！！ |
6楼2009-05-07 11:51:36
socchu
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我按照ICSD的模型建了一个，很对啊~~ 图在附件~ ms导出的cif如下： data_3D\Atomistic _audit_creation_date 2009-05-08 _audit_creation_method 'Materials Studio' _symmetry_space_group_name_H-M 'PMCN' _symmetry_Int_Tables_number 62 _symmetry_cell_setting orthorhombic loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz x,y,z -x,y+1/2,-z+1/2 x+1/2,-y,-z -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 -x,-y,-z x,-y+1/2,z+1/2 -x+1/2,y,z x+1/2,y+1/2,-z+1/2 _cell_length_a 5.3126 _cell_length_b 8.8958 _cell_length_c 6.4284 _cell_angle_alpha 90.0000 _cell_angle_beta 90.0000 _cell_angle_gamma 90.0000 loop_ _atom_site_label _atom_site_type_symbol _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z _atom_site_U_iso_or_equiv _atom_site_adp_type _atom_site_occupancy O1 O 0.45950 0.68390 -0.07900 0.00000 Uiso 1.00 Ba2 Ba 0.25000 0.41631 0.75490 0.00000 Uiso 1.00 C3 C 0.25000 0.75700 -0.08100 0.00000 Uiso 1.00 O4 O 0.25000 0.90110 -0.08780 0.00000 Uiso 1.00 loop_ _geom_bond_atom_site_label_1 _geom_bond_atom_site_label_2 _geom_bond_distance _geom_bond_site_symmetry_2 _ccdc_geom_bond_type O1 C3 1.289 . S C3 O4 1.283 . S C3 O1 1.289 7 S [ Last edited by veryman on 2009-5-8 at 08:23 ] |
8楼2009-05-08 08:21:27
socchu
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