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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】输入原子坐标比例不对
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socchu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】输入原子坐标比例不对

求助：

    我是刚用CASTEP的新手，现在遇到了一个问题，希望好心人能帮忙解答一下：

    我想计算BaCO3结构，但是建立晶胞，输入FIndit里面记录的原子坐标后，发现symmetry system 里显示的原子数比例不符合Ba：C：O=1：1：3关系，
请问这是否意味着原子坐标是错误的？能否利用这个结构计算BaCO3的结构？
请帮助解答，多谢！
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1楼 2009-05-06 17:14:12
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Minicheung

至尊木虫 (职业作家)
★
wuchenwf(金币+1):谢谢
不会吧，
先搞清BaCO3的结构，和各个原子的位置，利用分数坐标，不是很好建模吗？

原子坐标是否错误，这个可以自己验证的啊
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2楼2009-05-06 20:20:12
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socchu

金虫 (正式写手)
那个FIndit中的原子坐标输入进去为什么比例不对啊？

怎么用分数坐标建模？？

望指点！
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3楼2009-05-06 20:46:06
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socchu

金虫 (正式写手)
建模就是先选好空间群和晶体结构，输入晶胞参数，然后输入FIndit对应的原子坐标，是这样的么？？为什么我这样操作后得到的结构比例不对呢？？
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4楼2009-05-06 20:50:46
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veryman

木虫 (正式写手)

$_$
★
wuchenwf(金币+1):谢谢
过程是对的，你看看有没有原子出现在格子外边，ms默认的显示有时会把格子外边的原子也显示出来。
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5楼2009-05-07 07:37:35
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socchu

金虫 (正式写手)
BaCO3归属于45-1471相，在Findit中可以找到两种对应的结构，分别是
1：The structure has been assigned a PDF number: 45-1471
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Ba   1  +2    4 c   0.25        0.41631(5)  0.7549(2)      1.         0   
C    1  +4    4 c   0.25        0.7570(12)  -.0810(26)     1.         0   
O    1  -2    4 c   0.25        0.9011(8)   -.0878(19)     1.         0   
O    2  -2    8 d   0.4595(10)  0.6839(6)   -.0790(14)     1.         0   
Vol         303.81
Z           4
Space Group P m c n
SG Number   62
Cryst Sys   orthorhombic
Pearson     oP20

2：Comments    Compound with mineral name: Witherite
            The structure has been assigned a PDF number: 45-1471
            Calculated density unusual but tolerable.
            No R value given in the paper.
            At least one temperature factor missing in the paper.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Ba   1  +2    4 c   0.25        0.417       0.252          1.         0   
C    1  +4    4 c   0.25        0.75        0.405          1.         0   
O    1  -2    4 c   0.25        0.889       0.405          1.         0   
O    2  -2    8 d   0.452       0.68        0.405          1.         0   
Vol         303.84
Z           4
Space Group P m c n
SG Number   62
Cryst Sys   orthorhombic

我就是按照这两种结构去尝试，结果输入进去建模后所显示的比例都不对！
不知道是不是Findit中的原子坐标是错误的还是其他的原因，？？
很是困惑！！！
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6楼2009-05-07 11:51:36
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socchu

金虫 (正式写手)
麻烦哪位用我提供的原子坐标建个模验证一下！我建了很多次都不对，多谢！
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7楼2009-05-07 17:33:30
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veryman

木虫 (正式写手)

$_$
我按照ICSD的模型建了一个，很对啊~~
图在附件~
ms导出的cif如下：
data_3D\Atomistic
_audit_creation_date              2009-05-08
_audit_creation_method            'Materials Studio'
_symmetry_space_group_name_H-M    'PMCN'
_symmetry_Int_Tables_number       62
_symmetry_cell_setting            orthorhombic
loop_
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
  x,y,z
  -x,y+1/2,-z+1/2
  x+1/2,-y,-z
  -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
  -x,-y,-z
  x,-y+1/2,z+1/2
  -x+1/2,y,z
  x+1/2,y+1/2,-z+1/2
_cell_length_a                    5.3126
_cell_length_b                    8.8958
_cell_length_c                    6.4284
_cell_angle_alpha                 90.0000
_cell_angle_beta                  90.0000
_cell_angle_gamma                 90.0000
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
O1     O     0.45950   0.68390  -0.07900   0.00000  Uiso   1.00
Ba2    Ba    0.25000   0.41631   0.75490   0.00000  Uiso   1.00
C3     C     0.25000   0.75700  -0.08100   0.00000  Uiso   1.00
O4     O     0.25000   0.90110  -0.08780   0.00000  Uiso   1.00
loop_
_geom_bond_atom_site_label_1
_geom_bond_atom_site_label_2
_geom_bond_distance
_geom_bond_site_symmetry_2
_ccdc_geom_bond_type
O1     C3      1.289   .     S
C3     O4      1.283   .     S
C3     O1      1.289   7     S

[ Last edited by veryman on 2009-5-8 at 08:23 ]
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8楼2009-05-08 08:21:27
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socchu

金虫 (正式写手)
★
zdhlover(金币+1,VIP+0):谢谢反馈，欢迎常来 5-8 23:19
非常感谢！问题我找到了，但是还想请教一下：
在整个建模的过程中，只有这里我们有区别  
x,y,z
  -x,y+1/2,-z+1/2
  x+1/2,-y,-z
  -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
  -x,-y,-z
  x,-y+1/2,z+1/2
  -x+1/2,y,z
  x+1/2,y+1/2,-z+1/2
我的跟你的顺序不一样，稍微颠倒了一下，其他的相同，不知道以后我遇到建模比例不同的时候，该怎么去选择？
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9楼2009-05-08 12:11:53
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veryman

木虫 (正式写手)

$_$
★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):谢谢，欢迎常来 5-8 23:19
我们不一样的地方叫做一般等效点系，是由空间群决定的。
我们输入的每一个原子都会按照这些对称操作重复，按照ICSD的空间群和坐标做，应该错不了。
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10楼2009-05-08 14:24:53
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