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socchu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】输入原子坐标比例不对

求助:

    我是刚用CASTEP的新手,现在遇到了一个问题,希望好心人能帮忙解答一下:

    我想计算BaCO3结构,但是建立晶胞,输入FIndit里面记录的原子坐标后,发现symmetry system 里显示的原子数比例不符合Ba:C:O=1:1:3关系,
请问这是否意味着原子坐标是错误的?能否利用这个结构计算BaCO3的结构?
请帮助解答,多谢!
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veryman

木虫 (正式写手)

$_$

我按照ICSD的模型建了一个,很对啊~~
图在附件~
ms导出的cif如下:
data_3D\Atomistic
_audit_creation_date              2009-05-08
_audit_creation_method            'Materials Studio'
_symmetry_space_group_name_H-M    'PMCN'
_symmetry_Int_Tables_number       62
_symmetry_cell_setting            orthorhombic
loop_
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
  x,y,z
  -x,y+1/2,-z+1/2
  x+1/2,-y,-z
  -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
  -x,-y,-z
  x,-y+1/2,z+1/2
  -x+1/2,y,z
  x+1/2,y+1/2,-z+1/2
_cell_length_a                    5.3126
_cell_length_b                    8.8958
_cell_length_c                    6.4284
_cell_angle_alpha                 90.0000
_cell_angle_beta                  90.0000
_cell_angle_gamma                 90.0000
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
O1     O     0.45950   0.68390  -0.07900   0.00000  Uiso   1.00
Ba2    Ba    0.25000   0.41631   0.75490   0.00000  Uiso   1.00
C3     C     0.25000   0.75700  -0.08100   0.00000  Uiso   1.00
O4     O     0.25000   0.90110  -0.08780   0.00000  Uiso   1.00
loop_
_geom_bond_atom_site_label_1
_geom_bond_atom_site_label_2
_geom_bond_distance
_geom_bond_site_symmetry_2
_ccdc_geom_bond_type
O1     C3      1.289   .     S
C3     O4      1.283   .     S
C3     O1      1.289   7     S

[ Last edited by veryman on 2009-5-8 at 08:23 ]
8楼2009-05-08 08:21:27
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查看全部 11 个回答

Minicheung

至尊木虫 (职业作家)


wuchenwf(金币+1):谢谢
不会吧,
先搞清BaCO3的结构,和各个原子的位置,利用分数坐标,不是很好建模吗?

原子坐标是否错误,这个可以自己验证的啊
2楼2009-05-06 20:20:12
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socchu

金虫 (正式写手)

那个FIndit中的原子坐标输入进去为什么比例不对啊?

怎么用分数坐标建模??

望指点!
3楼2009-05-06 20:46:06
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socchu

金虫 (正式写手)

建模就是先选好空间群和晶体结构,输入晶胞参数,然后输入FIndit对应的原子坐标,是这样的么??为什么我这样操作后得到的结构比例不对呢??
4楼2009-05-06 20:50:46
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