应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】胶体对小分子的吸附可以用哪些软件做模拟？
51/1返回列表
查看: 783  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

simpsonx

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】胶体对小分子的吸附可以用哪些软件做模拟？

完全是新手，对模拟很感兴趣。
不知能否用计算机模拟胶体颗粒对小分子的吸附，计算吸附自由能、焓变和熵变，或者探讨两者间可能的化学键？有哪些软件可以得到这些全部或部分信息？请不吝赐教，谢谢！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:58 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-05-06 14:51:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-9 13:24
在做全原子模拟，可能很长时间内不会做粗粒化。
只是了解这个方法，没有实践过。
赞一下(10人) 回复此楼
8楼2009-05-07 10:21:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
xuefei06(金币+1,VIP+0):3Q! 5-7 09:46
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-9 13:23
用分子动力学可以做到。
现在用粗粒化MD或DPD处理胶粒已经很普遍了。
可以很容易得到能量和熵等信息。
赞一下(20人) 回复此楼
2楼2009-05-06 16:14:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

simpsonx

铜虫 (小有名气)
不知能否详细介绍下呢，粗粒化MD或DPD是什么？
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-5-6 16:14:
用分子动力学可以做到。
现在用粗粒化MD或DPD处理胶粒已经很普遍了。
可以很容易得到能量和熵等信息。

赞一下 回复此楼
3楼2009-05-06 16:53:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q！ 5-7 09:47
粗粒化MD(coarse graining MD,CGMD)相对于全原子MD而言，是把一个原子集团看做一个质点，通过定义集团间的相互作用和求解体系的运动方程的形式，得到体系的演化趋势，并且通过各种物理量的统计得到体系的宏观性质。
DPD是更彻底的粗粒化。

用全原子MD不是不可以，但对于胶束这种大型体系，非常耗费资源，结果也不一定好。

可以实现CGMD的软件有gmx，namd等
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2009-05-06 17:34:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 3/150 2026-11-11 11:10 by 1Nb0IVlmV6v0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 4/200 2026-11-11 10:54 by 1Nb0IVlmV6v0
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 10:46 by 1Nb0IVlmV6v0
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 10:43 by 1Nb0IVlmV6v0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 10:35 by 1Nb0IVlmV6v0
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 6/300 2026-11-11 10:32 by 1Nb0IVlmV6v0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 6/300 2026-11-11 10:21 by 1Nb0IVlmV6v0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 13/650 2026-11-11 09:22 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-11 08:54 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 4/200 2026-11-11 08:34 by 1Nb0IVlmV6v0
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 07:06 by Z7qfCsdIiD1T
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-11 04:54 by Z7qfCsdIiD1T
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:40 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:32 by Z7qfCsdIiD1T
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:54 by Z7qfCsdIiD1T
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭