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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】胶体对小分子的吸附可以用哪些软件做模拟？
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simpsonx

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】胶体对小分子的吸附可以用哪些软件做模拟？

完全是新手，对模拟很感兴趣。
不知能否用计算机模拟胶体颗粒对小分子的吸附，计算吸附自由能、焓变和熵变，或者探讨两者间可能的化学键？有哪些软件可以得到这些全部或部分信息？请不吝赐教，谢谢！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:58 ]
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1楼 2009-05-06 14:51:55
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
xuefei06(金币+1,VIP+0):3Q! 5-7 09:46
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-9 13:23
用分子动力学可以做到。
现在用粗粒化MD或DPD处理胶粒已经很普遍了。
可以很容易得到能量和熵等信息。
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2楼2009-05-06 16:14:17
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simpsonx

铜虫 (小有名气)
不知能否详细介绍下呢，粗粒化MD或DPD是什么？
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-5-6 16:14:
用分子动力学可以做到。
现在用粗粒化MD或DPD处理胶粒已经很普遍了。
可以很容易得到能量和熵等信息。

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3楼2009-05-06 16:53:15
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):3Q！ 5-7 09:47
粗粒化MD(coarse graining MD,CGMD)相对于全原子MD而言，是把一个原子集团看做一个质点，通过定义集团间的相互作用和求解体系的运动方程的形式，得到体系的演化趋势，并且通过各种物理量的统计得到体系的宏观性质。
DPD是更彻底的粗粒化。

用全原子MD不是不可以，但对于胶束这种大型体系，非常耗费资源，结果也不一定好。

可以实现CGMD的软件有gmx，namd等
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4楼2009-05-06 17:34:43
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
xuefei06(金币+2,VIP+0):多谢！ 5-7 09:48
附件是上学期整理过的课程论文，关于DPD的
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5楼2009-05-06 17:36:26
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simpsonx

铜虫 (小有名气)
非常谢谢bay_gulf！好人啊
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6楼2009-05-07 08:19:56
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xuefei06

木虫 (正式写手)
问下 bay__gulf，你是做粗粒化的吗，用的是哪种粗粒化方法呀！
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7楼2009-05-07 09:51:13
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 5-9 13:24
在做全原子模拟，可能很长时间内不会做粗粒化。
只是了解这个方法，没有实践过。
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8楼2009-05-07 10:21:54
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