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moretz

铜虫 (初入文坛)

[求助] 怎样才能确定提取质粒 是我的目标基因?已有1人参与

各位大神,求教!
从文献中查找了目标基因的前后引物,然后从生工合成引物后,对实验室中活性污泥的DNA进行扩增,跑胶 结果跑出了亮条带!
而后利用该泥样的DNA进行质粒提取——vector载体培养,固体培养基,蓝白菌挑菌,液体培养基,然后特异性引物跑胶(跑出了对应亮条带),纯化质粒后,
又送去生工对质粒进行测序,现在问题来了!
测序结果是 特殊结构,我怎样才能确定 我提的质粒 是我的目标基因呢?? 如何比对?是使用blast吗?
非常感谢

快过年了 祝大家新年快乐阿
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鲸鱼2016

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by moretz at 2019-01-25 21:16:25
非常感谢! 我用DNAstar的Seqman尝试去掉vector的序列,但是我去掉之后 Amplicon size为242, 但是我的目的基因的Amplicon size为197,我比对之后的确发现了我的目的基因,但是ident为81, 是不是我没有把载体序列 ...

你可以和blast出来的序列比较一下看看,是不是两端不匹配造成的同源性差异,我用ncbi里面有一个vector 的工具,具体叫啥忘了,就在ncbi首页或blast拉到最下面的一堆工具里。

发自小木虫Android客户端
4楼2019-01-26 01:09:03
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鲸鱼2016

新虫 (正式写手)


西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2019-02-13 20:37:06
去掉载体片段后bast一下

发自小木虫Android客户端
2楼2019-01-24 22:42:14
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moretz

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 鲸鱼2016 at 2019-01-24 22:42:14
去掉载体片段后bast一下

非常感谢! 我用DNAstar的Seqman尝试去掉vector的序列,但是我去掉之后 Amplicon size为242, 但是我的目的基因的Amplicon size为197,我比对之后的确发现了我的目的基因,但是ident为81, 是不是我没有把载体序列去除干净阿?
您是怎么去掉载体片段的阿?~
再次感谢
3楼2019-01-25 21:16:25
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2019-02-13 20:37:18
特殊结构也能测序,你联系一下测序中心,用些特殊条件。然后再比对
Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
5楼2019-01-26 01:51:08
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