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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 怎样才能确定提取质粒 是我的目标基因？
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moretz

铜虫 (初入文坛)

[求助] 怎样才能确定提取质粒 是我的目标基因？ 已有1人参与

各位大神，求教！
从文献中查找了目标基因的前后引物，然后从生工合成引物后，对实验室中活性污泥的DNA进行扩增，跑胶 结果跑出了亮条带！
而后利用该泥样的DNA进行质粒提取——vector载体培养，固体培养基，蓝白菌挑菌，液体培养基，然后特异性引物跑胶（跑出了对应亮条带），纯化质粒后，
又送去生工对质粒进行测序，现在问题来了！
测序结果是 特殊结构，我怎样才能确定 我提的质粒 是我的目标基因呢？？ 如何比对？是使用blast吗？
非常感谢

快过年了 祝大家新年快乐阿
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1楼 2019-01-24 22:27:07
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鲸鱼2016

新虫 (正式写手)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2019-02-13 20:37:06
去掉载体片段后bast一下

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2楼2019-01-24 22:42:14
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moretz

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 鲸鱼2016 at 2019-01-24 22:42:14
去掉载体片段后bast一下

非常感谢！ 我用DNAstar的Seqman尝试去掉vector的序列，但是我去掉之后 Amplicon size为242， 但是我的目的基因的Amplicon size为197，我比对之后的确发现了我的目的基因，但是ident为81， 是不是我没有把载体序列去除干净阿？
您是怎么去掉载体片段的阿？~
再次感谢
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3楼2019-01-25 21:16:25
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鲸鱼2016

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by moretz at 2019-01-25 21:16:25
非常感谢！ 我用DNAstar的Seqman尝试去掉vector的序列，但是我去掉之后 Amplicon size为242， 但是我的目的基因的Amplicon size为197，我比对之后的确发现了我的目的基因，但是ident为81， 是不是我没有把载体序列 ...

你可以和blast出来的序列比较一下看看，是不是两端不匹配造成的同源性差异，我用ncbi里面有一个vector 的工具，具体叫啥忘了，就在ncbi首页或blast拉到最下面的一堆工具里。

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4楼2019-01-26 01:09:03
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2019-02-13 20:37:18
特殊结构也能测序，你联系一下测序中心，用些特殊条件。然后再比对
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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
5楼2019-01-26 01:51:08
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moretz

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 鲸鱼2016 at 2019-01-26 01:09:03
你可以和blast出来的序列比较一下看看，是不是两端不匹配造成的同源性差异，我用ncbi里面有一个vector 的工具，具体叫啥忘了，就在ncbi首页或blast拉到最下面的一堆工具里。
...

谢谢 这个问题也解决啦！
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6楼2019-01-31 12:09:30
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moretz

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by drwhoknowss at 2019-01-26 01:51:08
特殊结构也能测序，你联系一下测序中心，用些特殊条件。然后再比对

谢谢！
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7楼2019-01-31 12:09:40
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