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bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
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［回58楼］
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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非常感谢！ 我想继续问一下，我是用TCL脚本构建的整个nanopore + thiol + electrodes体系，生成的是pdb和psf文件。如果改用AMBER力场，因为AMBER和CHARMM对原子的命名不同，我是否需要把pdb和psf改成crd和top文件？还是可以把AMBER力场文件“翻译”成CHARMM格式的力场文件？ 我个人希望后者行的通。因为前面生成pdb和psf文件的tcl脚本至少有好几千行，改起来非常麻烦。 另外，我在分子动力学模拟方面完全是新手，我所有的知识都是从ks.uiuc网站的tutorial自己学来的，我不知道CHARMM力场和AMBER力场的区别是什么？可否简单解释一下？我只知道，CHARMM力场是按照bond length (Kb), bond angle (Ktheta), dihedra (Kphi), improper (Kinv) , 以及VDW来区分的；请问AMBER是这样的吗？ 请您指教，谢谢！ |
60楼2009-08-31 08:56:02
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
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lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
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【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
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