| 查看: 12717 | 回复: 210 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
|
[交流]
【在线答疑】关于NAMD/VMD 已有27人参与
|
||
回复此楼
请教：如何为一个自建的分子找到相应的力场参数
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
|
请教达人：我在VMD中建立了这样一个体系：一个Guanine碱基通过琉原子吸附在金电极表面： Au-S-(G) 现在，我要用NAMD做模拟，需要相关的力参数，如Au-S键的Kb，Au-S-N键角的Ktheta，以及Au-S-N-C二面角的Kphi。 我首先查了uiuc网站上的force-field tutorial，该教程是用一个收费软件Spartan做的演示，但它推荐使用MOPAC或者GAMESS。 从MOPAC的tutorial来看，它计算的所谓force constants，应该是分子振动的简正模(normal modes)。 据我的分析力学知识，normal modes是在广义坐标下的，而Kb，Ktheta和Kphi是跟两个、三个或四个局域的原子相关的。 请问是怎么从量子化学的模拟结果里，导出MD的力参数？ 非常感谢！ |
55楼2009-08-27 16:00:54
2楼2009-05-02 11:58:42
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 又添猛将 5-3 16:09
|
【回2楼】 可以，比如下面这篇文献 Bryan J. Johnson, Jordi Cohen, Richard W. Welford, Arwen R. Pearson, Klaus Schulten, Judith P. Klinman, and Carrie M. Wilmot. Exploring molecular oxygen pathways in Hanseluna Polymorpha copper-containing amine oxidase. Journal of Biological Chemistry, 282:17767-17776, 2007. [ Last edited by bay__gulf on 2009-5-2 at 13:21 ] |
3楼2009-05-02 13:13:06
4楼2009-05-02 13:45:28
25