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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)


[交流] pair_style hybrid/overlay指令用法

各位大神关于pair_style hybrid/overlay指令用法小弟有点不是太明白,能否详细说说呢?如这个例子
using, EAM, Tersoff and LJ for Fe-Fe,C-C and Fe-C interactions respectively. Fe is atom type 1, C is atom type 2.
pair_style hybrid eam/fs lj/cut 10.0 tersoff
pair_coeff * * eam/fs ../potentials/Fe_mm.eam.fs Fe NULL
pair_coeff 1 2 lj/cut 0.00759200 3.5 9.7625
pair_coeff * * tersoff ../potentials/Si.tersoff NULL Si
它包含了三个势函数类型,两种原子类型Fe、C, 在系数设置上面,第一条 ** 不是代表所有原子的相互作用吗?而原本是想铁铁的作用势选用EAM势,铁碳作用势力用的是LJ对势,这个我能看懂,可是最后一条不是太懂。“NULL”是代表缺省吗?
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19861226ya

木虫 (著名写手)


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2009云飞扬(金币+1): 谢谢参与
2009云飞扬: 金币+10, 很有帮助,谢谢 2018-12-30 14:01:14
NULL表示的意思是不对这个类型原子/分子施加那种类型的作用势,比如说你现在有两种类型原子,Fe的原子序号是1,C的原子序号是2。在分配作用势的时候比如只是对于C的作用势时就必须忽略Fe。

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12楼2018-12-27 10:28:12
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)


6楼2018-12-26 22:41:13
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cumt2010meng

木虫 (著名写手)



2009云飞扬(金币+1): 谢谢参与
我是来领金币的~当然首先要送上祝福啦~~

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8楼2018-12-27 04:04:16
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liuqiang68

至尊木虫 (文坛精英)



2009云飞扬(金币+1): 谢谢参与
加油!
10楼2018-12-27 06:14:21
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Nater1ver

木虫 (正式写手)


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2009云飞扬(金币+1): 谢谢参与
2009云飞扬: 金币+10, 很有帮助,谢谢 2018-12-30 14:01:01
随便简单说一说。势函数文件自己打开看一下就知道,是一个索引,你引用的元素名是文件里面引的,而in文件中,但凡要定义和使用这种势函数,必须遍历in文件中使用的所有原子种类,因此会出现 pair_xxx ** xxx.eam type1 type2 type3 type4这种定义方法(type1到type4表示每种原子在势函数索引中对应的名称,并不代表原子自己,即使type1是氟,你完全可以在这里填上氯,用氯原子的势函数来计算,即使这种操作是不正常的),你可以看到,它是按照type顺序声明的。即使有的原子没有这种势函数的相互作用,这些原子也要包含进去(这显然与常见的势函数比如lj不同,lj中只用定义参与相互作用的原子类型),当然假如没有参与相互作用就用NULL代替了,表示不参与作用

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11楼2018-12-27 09:18:05
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)


送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by Nater1ver at 2018-12-27 09:18:05
随便简单说一说。势函数文件自己打开看一下就知道,是一个索引,你引用的元素名是文件里面引的,而in文件中,但凡要定义和使用这种势函数,必须遍历in文件中使用的所有原子种类,因此会出现 pair_xxx ** xxx.eam ty ...

谢谢朋友 在咨询咨询,hybrid/overlay我理解的是把几个作用势集合起来,在咨询咨询“pair_xxx ** xxx.eam type1 type2 type3 type4”我原来理解的是在eam势函数文件里面,包含的原子种类,就是后面的type1-4。比如Fe_mm.eam.fs ,这个势函数里面就只有铁的势函数,因而写成pair_coeff 1 1 eam/fs ../potentials/Fe_mm.eam.fs Fe  (铁在in文件中代表原子类型为1),。你的意思是说in文件里面假如有两种原子类型,则在定义势函数系数的时候,都必须遍历取值,因而在这条指令pair_coeff * * eam/fs ../potentials/Fe_mm.eam.fs Fe NULL 是** 表示in文件中原子类型(铁 、碳)所有原子都参与了(铁铁、铁碳、碳碳三种作用势都采用Fe_mm.eam.fs 势函数,但是事实上它只是铁铁的势函数,而我们又只需要表示铁铁的作用势力,因而后面type类型中标注为Fe NULL ,“NULL ”的作用就是表示碳原子没有参与到这个势函数作用)。不知道我理解的是否正确,请你指点指点,实在是有点迷糊 了。
13楼2018-12-27 16:27:25
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pl911

禁虫 (小有名气)


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29楼2020-01-03 15:51:30
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pl958

禁虫 (小有名气)


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30楼2020-01-06 11:40:15
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pl937

禁虫 (小有名气)


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31楼2020-01-09 16:08:51
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youngen2楼
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tzynew3楼
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dongmings4楼
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psylhh7楼
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syhorchid14楼
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nono200915楼
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