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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » pair_style hybrid/overlay指令用法
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] pair_style hybrid/overlay指令用法

各位大神关于pair_style hybrid/overlay指令用法小弟有点不是太明白，能否详细说说呢？如这个例子
using, EAM, Tersoff and LJ for Fe-Fe,C-C and Fe-C interactions respectively. Fe is atom type 1, C is atom type 2.
pair_style hybrid eam/fs lj/cut 10.0 tersoff
pair_coeff * * eam/fs ../potentials/Fe_mm.eam.fs Fe NULL
pair_coeff 1 2 lj/cut 0.00759200 3.5 9.7625
pair_coeff * * tersoff ../potentials/Si.tersoff NULL Si
它包含了三个势函数类型，两种原子类型Fe、C， 在系数设置上面，第一条 ** 不是代表所有原子的相互作用吗？而原本是想铁铁的作用势选用EAM势，铁碳作用势力用的是LJ对势，这个我能看懂，可是最后一条不是太懂。“NULL”是代表缺省吗?
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1楼 2018-12-26 18:44:30
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19861226ya

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
2009云飞扬(金币+1): 谢谢参与
2009云飞扬: 金币+10, 很有帮助，谢谢 2018-12-30 14:01:14
NULL表示的意思是不对这个类型原子/分子施加那种类型的作用势，比如说你现在有两种类型原子，Fe的原子序号是1，C的原子序号是2。在分配作用势的时候比如只是对于C的作用势时就必须忽略Fe。

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12楼2018-12-27 10:28:12
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)
请大家指点指点吧

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6楼2018-12-26 22:41:13
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cumt2010meng

木虫 (著名写手)
★
2009云飞扬(金币+1): 谢谢参与
我是来领金币的～当然首先要送上祝福啦～～

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8楼2018-12-27 04:04:16
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liuqiang68

至尊木虫 (文坛精英)
★
2009云飞扬(金币+1): 谢谢参与
加油！
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10楼2018-12-27 06:14:21
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Nater1ver

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
2009云飞扬(金币+1): 谢谢参与
2009云飞扬: 金币+10, 很有帮助，谢谢 2018-12-30 14:01:01
随便简单说一说。势函数文件自己打开看一下就知道，是一个索引，你引用的元素名是文件里面引的，而in文件中，但凡要定义和使用这种势函数，必须遍历in文件中使用的所有原子种类，因此会出现 pair_xxx ** xxx.eam type1 type2 type3 type4这种定义方法(type1到type4表示每种原子在势函数索引中对应的名称，并不代表原子自己，即使type1是氟，你完全可以在这里填上氯，用氯原子的势函数来计算，即使这种操作是不正常的)，你可以看到，它是按照type顺序声明的。即使有的原子没有这种势函数的相互作用，这些原子也要包含进去(这显然与常见的势函数比如lj不同，lj中只用定义参与相互作用的原子类型)，当然假如没有参与相互作用就用NULL代替了，表示不参与作用

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2009云飞扬
11楼2018-12-27 09:18:05
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by Nater1ver at 2018-12-27 09:18:05
随便简单说一说。势函数文件自己打开看一下就知道，是一个索引，你引用的元素名是文件里面引的，而in文件中，但凡要定义和使用这种势函数，必须遍历in文件中使用的所有原子种类，因此会出现 pair_xxx ** xxx.eam ty ...

谢谢朋友 在咨询咨询，hybrid/overlay我理解的是把几个作用势集合起来，在咨询咨询“pair_xxx ** xxx.eam type1 type2 type3 type4”我原来理解的是在eam势函数文件里面，包含的原子种类，就是后面的type1-4。比如Fe_mm.eam.fs ，这个势函数里面就只有铁的势函数，因而写成pair_coeff 1 1 eam/fs ../potentials/Fe_mm.eam.fs Fe  （铁在in文件中代表原子类型为1），。你的意思是说in文件里面假如有两种原子类型，则在定义势函数系数的时候，都必须遍历取值，因而在这条指令pair_coeff * * eam/fs ../potentials/Fe_mm.eam.fs Fe NULL 是** 表示in文件中原子类型（铁 、碳）所有原子都参与了（铁铁、铁碳、碳碳三种作用势都采用Fe_mm.eam.fs 势函数，但是事实上它只是铁铁的势函数，而我们又只需要表示铁铁的作用势力，因而后面type类型中标注为Fe NULL ，“NULL ”的作用就是表示碳原子没有参与到这个势函数作用）。不知道我理解的是否正确，请你指点指点，实在是有点迷糊 了。
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13楼2018-12-27 16:27:25
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pl911

禁虫 (小有名气)
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29楼2020-01-03 15:51:30
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pl958

禁虫 (小有名气)
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2009云飞扬(金币+1): 谢谢参与
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30楼2020-01-06 11:40:15
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pl937

禁虫 (小有名气)
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2009云飞扬(金币+1): 谢谢参与
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31楼2020-01-09 16:08:51
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youngen2楼
2018-12-26 19:16   回复  
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tzynew3楼
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dongmings4楼
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slytjiaofei5楼
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