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没尾巴的猴子铁虫 (小有名气)
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用AMBER做的MD模拟后，如何判断是否处于同一个稳态？
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| 对接出来的复合物，动力学模拟后，做了好几条副本，算的结合能值相差很大；这种情况应该怎么解决啊？困扰好久了 |
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6楼2019-01-05 17:03:27
ltl_1988
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2楼2018-12-15 00:07:12
没尾巴的猴子
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模拟时长应该是够的，应该是我起始结构的问题，模拟至稳态时，每段轨迹都处于不同的稳定状态，重新对接可能也是同样的结果，老师给我的意见是做聚类分析，找出最优聚类里势能最低作为起始结构，但是，貌似这个方法也不行，不知道还有什么方法能解决？ 发自小木虫IOS客户端 |
3楼2018-12-17 20:21:25
ltl_1988
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4楼2018-12-18 01:40:22