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没尾巴的猴子

铁虫 (小有名气)

[求助] 用AMBER做的MD模拟后,如何判断是否处于同一个稳态?

对接出来的复合物,动力学模拟后,做了好几条副本,算的结合能值相差很大;这种情况应该怎么解决啊?困扰好久了
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ltl_1988

至尊木虫 (著名写手)

没平衡,初始有问题或者时间不够长

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2楼2018-12-15 00:07:12
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没尾巴的猴子

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ltl_1988 at 2018-12-15 00:07:12
没平衡,初始有问题或者时间不够长

模拟时长应该是够的,应该是我起始结构的问题,模拟至稳态时,每段轨迹都处于不同的稳定状态,重新对接可能也是同样的结果,老师给我的意见是做聚类分析,找出最优聚类里势能最低作为起始结构,但是,貌似这个方法也不行,不知道还有什么方法能解决?

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3楼2018-12-17 20:21:25
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ltl_1988

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 没尾巴的猴子 at 2018-12-17 20:21:25
模拟时长应该是够的,应该是我起始结构的问题,模拟至稳态时,每段轨迹都处于不同的稳定状态,重新对接可能也是同样的结果,老师给我的意见是做聚类分析,找出最优聚类里势能最低作为起始结构,但是,貌似这个方法 ...

有晶体结构就用晶体结构,没有就看文献,相关蛋白残基的生化实验,类似蛋白也行。

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4楼2018-12-18 01:40:22
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没尾巴的猴子

铁虫 (小有名气)

5楼2018-12-18 14:16:46
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研究生王大锤

新虫 (正式写手)

你好,请linux上跑动力学,无法打开扩展系统.xsc是怎么回事

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6楼2019-01-05 17:03:27
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