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xuehu2008

铜虫 (正式写手)

[交流] 求助关于载体与基因连接的问题

上次P了一个基因,连进pET28a,用的是BamHI和HindIII的酶切位点。当时连接效率就很低,好几次都没有长出克隆,最后一次长出了一个克隆,送测序结果基因发生了单碱基突变。为了纠正这个突变,做了overlapPCR,结果显示分别P出了突变为点上游和下游的片段,大小无误。再分别以这两个PCR产物为模板,又成功P出了目的基因大小的片段,酶切并胶回收后再检验条带大小也正常,可是这次不管怎样连接产物转化B21感受态后都没有克隆长起。
我用的是Fermentas的内切酶和Takara的连接酶,胶回收试剂盒是Omega的。感受态经检验是没有问题的。
各位大侠能帮着分析分析么?

[ Last edited by xuehu2008 on 2009-4-20 at 12:12 ]
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elvias

铁杆木虫 (正式写手)


xuehu2008(金币+1,VIP+0):谢谢 4-20 12:14
从你的叙述来看,能够回收到电泳正常的片断,在pcr上应该是正确的,问题可能处在连接上。你可以增大目的基因与载体的比例,换一下Fermentas的内切酶,毕竟一个公司的酶体系上的冲突要小一些。实在不行,你试一下用Dpn1单点突变你的突变的错误载体吧。
2楼2009-04-20 09:10:01
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)


xuehu2008(金币+1,VIP+0):谢谢 4-20 12:14
Fermentas的内切酶是蛮好的
就是takara的连接酶非常烂
同时omega的回收试剂盒,回收率非常低
这里出错在回收率低下和连接效率低下
3楼2009-04-20 09:36:33
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zhaocy8903

木虫 (知名作家)


xuehu2008(金币+1,VIP+0):谢谢 4-20 12:14
纠正点突变还是用定点突变试剂盒比较方便
4楼2009-04-20 10:01:32
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xuehu2008

铜虫 (正式写手)

谢谢大家!想问 三磷酸腺苷:能否推荐一下连接酶和胶回收试剂盒?
请教 elvias  ,Dpn1是怎样一种方法?
5楼2009-04-20 12:14:22
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
Originally posted by xuehu2008 at 2009/4/20, 12:14:
谢谢大家!想问 三磷酸腺苷:能否推荐一下连接酶和胶回收试剂盒?
请教 elvias  ,Dpn1是怎样一种方法?

NEB和Fermentas的T4连接酶都不错
我也用了TOYOBO的ligation high Ver.2,一直很稳定
胶回收试剂盒,全世界最好的当然是QIAGEN的
国产的天根其实也是ok的,不贵,但比omega好几百倍吧……
6楼2009-04-20 12:33:21
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xuehu2008

铜虫 (正式写手)

7楼2009-04-20 13:02:15
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elvias

铁杆木虫 (正式写手)

其实回收,标准是能收回来就行,一般回收效率都能在50%以上,我用过好多家国产的,也有用进口的,其实对后续反应影响不大,现在国内的厂家试剂盒的柱子都是进口的,所以也不用迷恋外国货。连接酶可以选择好一些的,NEB,Fermentas和Promega可以说是国际上最好的三个酶公司,产品有保证。国产的连接酶我也用过,最快的连接10min,效率也不错。
8楼2009-04-20 16:50:06
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elvias

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
xuehu2008(金币+2,VIP+0):受益匪浅,多谢啦! 4-22 00:45
Dpn1就是通过对你从大肠杆菌中提取的质粒进行全长pcr,你的引物可以设计为定点突变。然后用Dpn1这个酶消化,其只能消化大肠杆菌甲基化的质粒。
Dpn1你可以问下NEB,好像还送你长片断高保真PCR酶。
9楼2009-04-20 16:53:46
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