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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】关于从头设计的筛选工作
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fantastic

银虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】关于从头设计的筛选工作

我用从头设计根据软件生成了几千个小分子，受体结构已知，不可能像平常做dock那样做dock吧。大家说说有什么有效的办法来挑选呢？有谁做过相关的工作，拿出来晒晒，不胜感激

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:53 ]
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1楼 2009-04-19 22:31:00
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):感谢回复！ 5-26 13:41
你是用什么软件做的从头设计？怎么会产生这么多的小分子？你用的是片段生长法，还是片段连接法？
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2楼2009-04-20 08:03:57
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fantastic

银虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wuhanhgf2002 at 2009-4-20 08:03:
你是用什么软件做的从头设计？怎么会产生这么多的小分子？你用的是片段生长法，还是片段连接法？

我用的是北大的一个软件ligbuilder，是片段生长法
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3楼2009-04-21 08:38:00
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
★
mingdong(金币+1,VIP+0):感谢交流！ 6-16 07:28
这个软件没有相应的打分吗？你可以结合相应的打分来挑选，也可以尝试用ludi来做。
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4楼2009-04-22 08:06:09
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xuxm03

金虫 (小有名气)
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):感谢回复！ 5-26 13:42
引用回帖:
Originally posted by fantastic at 2009-4-19 22:31:
我用从头设计根据软件生成了几千个小分子，受体结构已知，不可能像平常做dock那样做dock吧。大家说说有什么有效的办法来挑选呢？有谁做过相关的工作，拿出来晒晒，不胜感激

用X-score 打一下分吧
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5楼2009-04-29 09:25:57
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢交流！ 6-15 14:48
虚拟筛选！ 就是批量docking
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6楼2009-06-13 23:53:29
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whitewatercn

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢交流！ 6-15 14:48
几千个分子，用 autodock 也就是几天的功夫。
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7楼2009-06-15 08:26:15
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fantastic

银虫 (著名写手)
q68(金币+0,VIP+0):怎么解决的，分享一下经验！ 6-16 15:37
谢谢大家的关注了，问题我已经解决了，呵呵

有机会再和大家交流！

————————————————————————

其实我刚开始的时候以为从头设计的分子都应该先用dock6做一遍筛选，后来听一个师兄讲，dock只是适合大规模虚拟筛选的，结果不准确，后来我就舍弃了dock，改直接用autodock，采用autodocktools下面的python脚本来准备文件，类似于用autodock做虚拟筛选。

另外从头设计软件里面也有一些对于分子的评价参数，也可作为挑选的依据。

[ Last edited by fantastic on 2009-6-17 at 19:24 ]
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8楼2009-06-16 15:33:12
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