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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 理论与计算方法 » VMD及NAMD加水盒子
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一时花开11

新虫 (正式写手)
已领完
VMD及NAMD加水盒子
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看NAMD手册加入水盒子的命令是
solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq_wb。现在有一个问题是如何知道加入这个水环境后，具体的水数目是多少呢？如果我要具体的水数目（比如199），又该如何操作呢？麻烦各位虫友解答，感激不尽。

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1楼 2018-10-08 21:44:26
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鲁智深的皮

铁虫 (小有名气)
set wat [atomselect top water]
$wat num
可以得到所有水的原子数，除以3就是水分子数量

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8楼2018-12-25 12:00:09
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tzynew5楼
2018-10-08 21:47   回复  
一时花开11(金币+2): 谢谢参与
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jixiangbao7楼
2018-10-08 21:50   回复  
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hdchina20103楼
2018-10-08 21:45   回复  
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22985973736楼
2018-10-08 21:50   回复  
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wlx1213wlx4楼
2018-10-08 21:47   回复  
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一个人的修行2楼
2018-10-08 21:44   回复  
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