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一时花开11

新虫 (正式写手)


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看NAMD手册加入水盒子的命令是
solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq_wb。现在有一个问题是如何知道加入这个水环境后,具体的水数目是多少呢?如果我要具体的水数目(比如199),又该如何操作呢?麻烦各位虫友解答,感激不尽。

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鲁智深的皮

铁虫 (初入文坛)


set wat [atomselect top water]
$wat num
可以得到所有水的原子数,除以3就是水分子数量

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8楼2018-12-25 12:00:09
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2018-10-08 21:44   回复  
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2018-10-08 21:45   回复  
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tzynew5楼
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