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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子动力学模拟的最终结构
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chunwang

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学模拟的最终结构

模拟金属锂的熔化情况，在500K动力学跑90ps后，有很多金属原子跑到晶格外面去了（见图1）。我设置的控压方法为Andersen，允许晶胞的体积变化，形状不变。不知这是怎么回事？望高手指点指点！

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-23 at 13:51 ]
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1楼 2009-03-30 16:16:00
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★
jghe(金币+2,VIP+0):感谢你参与讨论 3-30 21:32
周期边界条件的话外面的原子可以通过平移回到原来的盒子
之所以跑出去是因为i温度效应原子会扩散 会驰豫 会运动
你加温了还不跑才怪
但是在计算的时候因为存在周期边界 会把它的位置归一到盒子里
这是模拟的基本知识
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2楼2009-03-30 20:05:01
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chunwang

铜虫 (小有名气)
非常感谢版主！你的意思出现这种情况是正常的？
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3楼2009-03-31 11:00:34
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):3Q! 3-31 12:35
合情合理的 周期边界的作用之一正是用来处理这种情况
原子不动你怎么得到一些统计量？
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4楼2009-03-31 11:06:02
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chunwang

铜虫 (小有名气)
谢谢！控压方法是通过调节盒子的体积来控制盒子内的密度吧？
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5楼2009-03-31 11:19:14
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chunwang

铜虫 (小有名气)
另外还要请教一个问题：
分子动力学模拟两个时间即平衡时间和收集数据的时间的选取有没有一个一般的规则啊？
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6楼2009-03-31 11:21:25
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xuefei06

木虫 (正式写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 4-8 09:39
凭经验，体系越大所需的平衡时间越长
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7楼2009-03-31 12:37:15
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chunwang

铜虫 (小有名气)
谢谢，看来你是这方面的专家啊！以后有问题再向你请教！
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8楼2009-03-31 16:18:18
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