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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子动力学模拟的最终结构
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chunwang

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学模拟的最终结构

模拟金属锂的熔化情况，在500K动力学跑90ps后，有很多金属原子跑到晶格外面去了（见图1）。我设置的控压方法为Andersen，允许晶胞的体积变化，形状不变。不知这是怎么回事？望高手指点指点！

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-23 at 13:51 ]
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1楼 2009-03-30 16:16:00
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chunwang

铜虫 (小有名气)
谢谢！控压方法是通过调节盒子的体积来控制盒子内的密度吧？
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5楼2009-03-31 11:19:14
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★
jghe(金币+2,VIP+0):感谢你参与讨论 3-30 21:32
周期边界条件的话外面的原子可以通过平移回到原来的盒子
之所以跑出去是因为i温度效应原子会扩散 会驰豫 会运动
你加温了还不跑才怪
但是在计算的时候因为存在周期边界 会把它的位置归一到盒子里
这是模拟的基本知识
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2楼2009-03-30 20:05:01
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chunwang

铜虫 (小有名气)
非常感谢版主！你的意思出现这种情况是正常的？
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3楼2009-03-31 11:00:34
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):3Q! 3-31 12:35
合情合理的 周期边界的作用之一正是用来处理这种情况
原子不动你怎么得到一些统计量？
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4楼2009-03-31 11:06:02
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