应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子动力学模拟的最终结构
51/1返回列表
查看: 813  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

chunwang

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】分子动力学模拟的最终结构

模拟金属锂的熔化情况，在500K动力学跑90ps后，有很多金属原子跑到晶格外面去了（见图1）。我设置的控压方法为Andersen，允许晶胞的体积变化，形状不变。不知这是怎么回事？望高手指点指点！

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-23 at 13:51 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

高分子学习--qlh

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-03-30 16:16:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chunwang

铜虫 (小有名气)
谢谢，看来你是这方面的专家啊！以后有问题再向你请教！
赞一下 回复此楼
8楼2009-03-31 16:18:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★
jghe(金币+2,VIP+0):感谢你参与讨论 3-30 21:32
周期边界条件的话外面的原子可以通过平移回到原来的盒子
之所以跑出去是因为i温度效应原子会扩散 会驰豫 会运动
你加温了还不跑才怪
但是在计算的时候因为存在周期边界 会把它的位置归一到盒子里
这是模拟的基本知识
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2009-03-30 20:05:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chunwang

铜虫 (小有名气)
非常感谢版主！你的意思出现这种情况是正常的？
赞一下 回复此楼
3楼2009-03-31 11:00:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★
xuefei06(金币+1,VIP+0):3Q! 3-31 12:35
合情合理的 周期边界的作用之一正是用来处理这种情况
原子不动你怎么得到一些统计量？
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2009-03-31 11:06:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂 +9 冬十三 2026-03-15 10/500 2026-03-17 22:53 by lbsjt
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +3 脱颖而出 2026-03-16 6/300 2026-03-17 21:19 by z1z2z3879
[考研] 281求调剂（0805） +3 烟汐忆海 2026-03-16 7/350 2026-03-17 20:16 by peike
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +16 不知道叫什么！ 2026-03-15 18/900 2026-03-17 17:05 by ruiyingmiao
[考研] 0854可跨调剂，一作一项核心论文五项专利，省、国级证书40+数一英一287 +3 小李0854 2026-03-16 3/150 2026-03-17 13:40 by 热情沙漠
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] 化学调剂0703 +8 啊我我的 2026-03-11 8/400 2026-03-16 17:23 by 我的船我的海
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 招收0805（材料）调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 求调剂（材料与化工327） +4 爱吃香菜啦 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 +5 隔壁陈先生 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:03 by 星空星月
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:27 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[论文投稿] 投稿问题 5+4 星光灿烂xt 2026-03-12 6/300 2026-03-13 14:17 by god_tian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭