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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于gromacs的重启以及延长模拟时间

请教个问题,我用gmx跑动力学到20ns,我想再接着跑10ns,于是我用了

tpbconv -s md1.tpr -f md1.trr -e md1.edr -extend 10000 -o md2.tpr
mdrun -v -s md2.tpr -o md2.trr -c md2.gro -e md2.edr -g md2.log

但是发现新的md2.log文件中的时间从0ps开始计时,这是什么原因啊?

我的gmx如果中途由于停电断掉,我想接着上一步继续跑的时候也会遇到同样的问题:

tpbconv -s md1.tpr -f md1.trr -e md1.edr -o md2.tpr
mdrun -v -s md2.tpr -o md2.trr -c md2.gro -e md2.edr -g md2.log

所以我就不清楚gromacs在继续跑的时候是不是考虑了上一步的时间和速度。恳求高人指点,万分感谢!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 21:41 ]
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xuefei06

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
wuhanhgf2002(金币+1,VIP+0):非常感谢 4-1 08:04
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 4-8 09:33
用trjconv命令导出在20ns的坐标和速度,作为从新可以的初始值,然后grompp 你的以前的mdp,gro,top,trr,edr文件,并且加上-time  20000  生成新的tpr文件,用mdrun从新跑就ok!
2楼2009-03-30 12:53:56
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

麻烦楼上能不能把命令写的具体些?谢谢啦!难道不能用tpbconv命令吗?这不是gromacs自带的重启命令吗?
3楼2009-03-30 17:38:42
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

真的很急啊,请路过高人指点
4楼2009-03-31 08:23:56
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

真的很急啊,请路过高人指点
5楼2009-04-01 08:05:20
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suny2005

木虫 (小有名气)

同问!谢谢!
6楼2009-04-01 20:36:01
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