24小时热门版块排行榜    

查看: 3802  |  回复: 10
【奖励】 本帖被评价7次,作者zhycan增加金币 5.1

zhycan

银虫 (著名写手)


[资源] 分享:推荐一些常用的在线分析工具-分子生物学方面的

综合工具
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
http://www.bionavigator.com, 功能最为完整的网上服务器。包括核酸的酶切位点、motif、开读框等搜索,PCR引物设计,二级结构预测,多序列比较及分子进化树构建,等等;蛋白分析则包括酶切图谱,功能区搜索,分子进化分析,蛋白二级结构预测,等等;此外还提供序列管理等功能。收费站点,但提供两周的全功能免费试用期
http://bioinformatics.weizamann.ac.il/gdp/gdp.html, 另一个综合性的提供序列分析功能的网站
http://www.hgsc.bcm.tmc.edu,内容丰富的站点,有数据库及教程、在线分析工具等,常用其预测编码区、搜索启动子和结合位点等功能

编码区统计特性分析
http://cbrg.inf.ethz.ch,常用其基因预测及验证功能,预测DNA序列的外显子。 还有其它一些在线服务

启动子及调控元件分析
BDGP-promoter
Tfsitescan

内含子/外显子剪接位点
NetGene服务的Email地址是:netgene@cbs.dtu.dk
重复序列分析
CENSOR的Email服务地址是:censor@sharon.lpi.org
XBLAST:ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/jmc
Repbase:ftp://ncbi/nlm.nih.gov/repository/repbase/REF

从氨基酸组成辨识蛋白质
ExPASy:
http://www.expasy.ch/tools/
PROSEARCH:
http://www.embl-heidelberg.de/prs.html

预测蛋白质的物理性质:等电点、分子量、酶切特性、疏水性、电荷分布等
ExPASy:http://www.expasy.ch/tools/,有较多的蛋白分析工具,包括分子量、亲疏水性、表面积、二级结构、与SWISS-PROT数据库收录分子同源性比较、极性、折射率等分析
FASTA:
ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/
SAPS:
http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html
跨膜区预测:
http://www.isrec.isb-sib.ch/software/tmpred_from.html

蛋白质二级结构预测
nnPredict:
http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html
PredictProtein:
http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/
PredictProtein的国内镜像:
http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/
SOPMA:
http://pbil.ibcp.fr/
二级结构预测:
www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict-instrucs.html

卷曲螺旋预测
COILS:
http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html
跨膜区段和在膜上的取向预测
TMpred:
http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
信号肽的剪切位点
SignalP:
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
蛋白质的三维结构
SWISS-MODEL:
http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html
CPHmodels:
http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

changyz9695

银虫 (正式写手)


分享一下,挺好的
2楼2009-03-27 12:25:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gm7147

金虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
3楼2009-04-19 10:03:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qingqingcao288

木虫 (小有名气)


★★★ 三星级,支持鼓励

顶个,好人啊
4楼2009-04-19 18:58:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fang61_1982

银虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

谢谢!!
5楼2009-04-19 21:15:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qgaoamtf

至尊木虫 (职业作家)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

Sehr gut!
6楼2009-04-19 21:37:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

★★★ 三星级,支持鼓励

谢谢!!
7楼2009-04-19 21:51:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jilincr

木虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东西,谢谢分享
8楼2011-03-10 22:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jilincr

木虫 (小有名气)


谢谢楼主分享,用SOPMA进行蛋白质二级结构预测,出来的结果不是很会看,刚刚开始学,楼主有什么经验可以传授一下吗,谢谢,
9楼2011-03-22 17:15:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xp198766

铁杆木虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

强势MARK!
10楼2011-03-22 23:23:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhycan

银虫 (著名写手)


的确是个好东西,非常值得一看
11楼2011-03-24 20:10:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhycan 的主题更新
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +32 医学老男孩 2026-08-13 74/3700 2026-08-16 21:05 by 医学老男孩
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +11 家与远方 2026-08-10 16/800 2026-08-16 10:28 by ray43
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
信息提示
请填处理意见