24小时热门版块排行榜    

查看: 3219  |  回复: 10
【奖励】 本帖被评价7次,作者zhycan增加金币 5.1
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zhycan

银虫 (著名写手)


[资源] 分享:推荐一些常用的在线分析工具-分子生物学方面的

综合工具
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
http://www.bionavigator.com, 功能最为完整的网上服务器。包括核酸的酶切位点、motif、开读框等搜索,PCR引物设计,二级结构预测,多序列比较及分子进化树构建,等等;蛋白分析则包括酶切图谱,功能区搜索,分子进化分析,蛋白二级结构预测,等等;此外还提供序列管理等功能。收费站点,但提供两周的全功能免费试用期
http://bioinformatics.weizamann.ac.il/gdp/gdp.html, 另一个综合性的提供序列分析功能的网站
http://www.hgsc.bcm.tmc.edu,内容丰富的站点,有数据库及教程、在线分析工具等,常用其预测编码区、搜索启动子和结合位点等功能

编码区统计特性分析
http://cbrg.inf.ethz.ch,常用其基因预测及验证功能,预测DNA序列的外显子。 还有其它一些在线服务

启动子及调控元件分析
BDGP-promoter
Tfsitescan

内含子/外显子剪接位点
NetGene服务的Email地址是:netgene@cbs.dtu.dk
重复序列分析
CENSOR的Email服务地址是:censor@sharon.lpi.org
XBLAST:ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/jmc
Repbase:ftp://ncbi/nlm.nih.gov/repository/repbase/REF

从氨基酸组成辨识蛋白质
ExPASy:
http://www.expasy.ch/tools/
PROSEARCH:
http://www.embl-heidelberg.de/prs.html

预测蛋白质的物理性质:等电点、分子量、酶切特性、疏水性、电荷分布等
ExPASy:http://www.expasy.ch/tools/,有较多的蛋白分析工具,包括分子量、亲疏水性、表面积、二级结构、与SWISS-PROT数据库收录分子同源性比较、极性、折射率等分析
FASTA:
ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/
SAPS:
http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html
跨膜区预测:
http://www.isrec.isb-sib.ch/software/tmpred_from.html

蛋白质二级结构预测
nnPredict:
http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html
PredictProtein:
http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/
PredictProtein的国内镜像:
http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/
SOPMA:
http://pbil.ibcp.fr/
二级结构预测:
www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict-instrucs.html

卷曲螺旋预测
COILS:
http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html
跨膜区段和在膜上的取向预测
TMpred:
http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
信号肽的剪切位点
SignalP:
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
蛋白质的三维结构
SWISS-MODEL:
http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html
CPHmodels:
http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

PCR实验

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jilincr

木虫 (小有名气)


谢谢楼主分享,用SOPMA进行蛋白质二级结构预测,出来的结果不是很会看,刚刚开始学,楼主有什么经验可以传授一下吗,谢谢,
9楼2011-03-22 17:15:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

changyz9695

银虫 (正式写手)


分享一下,挺好的
2楼2009-03-27 12:25:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gm7147

金虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
3楼2009-04-19 10:03:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jilincr

木虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东西,谢谢分享
8楼2011-03-10 22:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
☆ 无星级 ★ 一星级 ★★★ 三星级 ★★★★★ 五星级
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 336求调剂 +3 rmc8866 2026-03-21 3/150 2026-03-21 11:16 by 求调剂zz
[考研] 一志愿华中科技大学071000,求调剂 +3 沿岸有贝壳6 2026-03-21 3/150 2026-03-21 10:35 by 暮云清寒
[考研] 一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂 +7 枫桥ZL 2026-03-18 9/450 2026-03-21 09:56 by JineShine
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +4 ydfyh 2026-03-17 4/200 2026-03-21 02:20 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +6 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 7/350 2026-03-21 01:03 by JourneyLucky
[考研] 一志愿重庆大学085700资源与环境专硕,总分308求调剂 +3 墨墨漠 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:39 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂 +10 S.H1 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:51 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 考研调剂求学校推荐 +3 伯乐29 2026-03-18 5/250 2026-03-20 22:59 by JourneyLucky
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +7 ^O^乜 2026-03-19 7/350 2026-03-20 21:43 by JourneyLucky
[考研] 289求调剂 +6 怀瑾握瑜l 2026-03-20 6/300 2026-03-20 20:30 by 学员8dgXkO
[考研] 261求B区调剂,科研经历丰富 +3 牛奶很忙 2026-03-20 4/200 2026-03-20 19:34 by JourneyLucky
[考研] 086500 325 求调剂 +3 领带小熊 2026-03-19 3/150 2026-03-20 18:38 by 尽舜尧1
[考研] 广西大学家禽遗传育种课题组2026年硕士招生(接收计算机专业调剂) +3 123阿标 2026-03-17 3/150 2026-03-20 15:58 by 飞行琦
[考研] 0703化学 305求调剂 +4 FY_yy 2026-03-14 4/200 2026-03-19 05:54 by anny19840123
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
信息提示
请填处理意见