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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 分享：推荐一些常用的在线分析工具-分子生物学方面的
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zhycan

银虫 (著名写手)

[资源] 分享：推荐一些常用的在线分析工具-分子生物学方面的

综合工具
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
http://www.bionavigator.com, 功能最为完整的网上服务器。包括核酸的酶切位点、motif、开读框等搜索，PCR引物设计，二级结构预测，多序列比较及分子进化树构建，等等；蛋白分析则包括酶切图谱，功能区搜索，分子进化分析，蛋白二级结构预测，等等；此外还提供序列管理等功能。收费站点，但提供两周的全功能免费试用期
http://bioinformatics.weizamann.ac.il/gdp/gdp.html， 另一个综合性的提供序列分析功能的网站
http://www.hgsc.bcm.tmc.edu,内容丰富的站点，有数据库及教程、在线分析工具等，常用其预测编码区、搜索启动子和结合位点等功能

编码区统计特性分析
http://cbrg.inf.ethz.ch,常用其基因预测及验证功能，预测DNA序列的外显子。 还有其它一些在线服务

启动子及调控元件分析
BDGP-promoter
Tfsitescan

内含子/外显子剪接位点
NetGene服务的Email地址是：netgene@cbs.dtu.dk
重复序列分析
CENSOR的Email服务地址是：censor@sharon.lpi.org
XBLAST：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/jmc
Repbase：ftp://ncbi/nlm.nih.gov/repository/repbase/REF

从氨基酸组成辨识蛋白质
ExPASy：
http://www.expasy.ch/tools/
PROSEARCH：
http://www.embl-heidelberg.de/prs.html

预测蛋白质的物理性质：等电点、分子量、酶切特性、疏水性、电荷分布等
ExPASy：http://www.expasy.ch/tools/，有较多的蛋白分析工具，包括分子量、亲疏水性、表面积、二级结构、与SWISS-PROT数据库收录分子同源性比较、极性、折射率等分析
FASTA：
ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta/
SAPS：
http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html
跨膜区预测：
http://www.isrec.isb-sib.ch/software/tmpred_from.html

蛋白质二级结构预测
nnPredict：
http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html
PredictProtein：
http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/
PredictProtein的国内镜像：
http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/
SOPMA：
http://pbil.ibcp.fr/
二级结构预测：
www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict-instrucs.html

卷曲螺旋预测
COILS：
http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html
跨膜区段和在膜上的取向预测
TMpred：
http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
信号肽的剪切位点
SignalP：
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
蛋白质的三维结构
SWISS-MODEL：
http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html
CPHmodels：
http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/
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1楼 2009-03-27 12:15:21
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gm7147

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
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3楼2009-04-19 10:03:47
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changyz9695

银虫 (正式写手)
分享一下，挺好的
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2楼2009-03-27 12:25:56
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jilincr

木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东西，谢谢分享
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8楼2011-03-10 22:20:31
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jilincr

木虫 (小有名气)
谢谢楼主分享，用SOPMA进行蛋白质二级结构预测，出来的结果不是很会看，刚刚开始学，楼主有什么经验可以传授一下吗，谢谢，
赞一下 回复此楼
9楼2011-03-22 17:15:22
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