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孤单芭蕾527

新虫 (初入文坛)

[求助] 载体构建 已有1人参与

我的一个亚细胞定位的载体,载体原本标注的只有一个Bam HI的酶切位点,但是我用单酶切出来两条带,我不想重新修改目的基因的酶切位点了,请教大佬们,我用Age I和Bam HI双酶切,然后给载体去磷酸化,再和我的用Age I和Bam HI酶切目的基因连接,可以么?

@youlinglyw @biostar2009 发自小木虫IOS客户端
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maoniuniu

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1. 不知道你原始载体是哪里来的,比如是跟人家要的还是实验室以前构建留下的,如果酶切结果与你的预期不一致,而你的预期是基于很确定的资料的话,最好(1)跟来源的人或者单位再确认一下载体的问题,看能不能更换更准确的载体;(2)送去测序,保证你的MCS区域或者你关心的那些关键区域的序列起码是正确的,同时,不知道你的质粒是否比如说经过长时间保存之类的,你可以转克隆感受态再挑斑多鉴定几个,看看能不能得到酶切鉴定正确的克隆,然后再拿来用

2. 你说用Age I和BamH I酶切并且连接,这个本身和上面BamH I单酶切鉴定不正确没有太直接的关系,只要你的Age I也能够切开质粒(不知道你用Age I验证过没有?),理论上就可以进行双酶切连接,当然,看你现在的情况可能载体上有两个BamH I的位点,那加入Age I的位点位于这两个Bam H I之间,双酶切之后Age I位于小条带你不要的那个小条带上,这样确实也不行,所以一定要用Age I验证一次
2楼2018-05-16 19:21:34
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孤单芭蕾527

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by maoniuniu at 2018-05-16 19:21:34
1. 不知道你原始载体是哪里来的,比如是跟人家要的还是实验室以前构建留下的,如果酶切结果与你的预期不一致,而你的预期是基于很确定的资料的话,最好(1)跟来源的人或者单位再确认一下载体的问题,看能不能更换更 ...

1、载体是别的实验室拿来的,他们也用过Bam HI,说没有问题,但我确实单用Bam HI切出了两条带。
2、Age I验证过可以切开
3、我之前试过用Age I和Bam HI双酶切,但是连接后,长得斑太多了,假阳性太多,所以我可不可以,双酶切后在去磷酸化,防止两端都是Bam HI的载体连接

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3楼2018-05-16 20:31:07
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maoniuniu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 孤单芭蕾527 at 2018-05-16 20:31:07
1、载体是别的实验室拿来的,他们也用过Bam HI,说没有问题,但我确实单用Bam HI切出了两条带。
2、Age I验证过可以切开
3、我之前试过用Age I和Bam HI双酶切,但是连接后,长得斑太多了,假阳性太多,所以我可不可 ...

把你的电泳图发给他们,当然你一定要保证你的酶切没有问题

他们如果做的没有问题,就让他们把没有问题的给你一份,这种载体骨架要是出问题,你后面的实验就像埋了定时炸弹一样

所以也建议对MCS区域测序,确定你目的片段插入的位点附近序列究竟是什么,是否正确

你连接后长斑假阳性多,这相对上面的问题来说又是另一个问题,可能跟你的连接体系、连接时间都有关系,从而造成高背景。一般双酶切不需要去磷酸化,一般对于平末端连接或者单酶切连接才需要防止自连

最重要的还是建议你把载体搞清楚,可能你觉得再要一次不太容易或者不好意思,但还是硬着头皮要个正确的吧,谁也保不准到底哪段序列出了问题,再次就是优化你的连接体系,如果想去磷酸化处理防止自连不是不可以,去磷酸化本身也需要些优化,而且增加你的操作步骤

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4楼2018-05-17 09:25:58
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maoniuniu

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by maoniuniu at 2018-05-17 09:25:58
把你的电泳图发给他们,当然你一定要保证你的酶切没有问题
他们如果做的没有问题,就让他们把没有问题的给你一份,这种载体骨架要是出问题,你后面的实验就像埋了定时炸弹一样
所以也建议对MCS区域测序,确定你目的 ...

不好意思,最后一个问题没解释清楚
你要是考虑是BamH I单位点造成自连,载体肯定是可以去磷酸化处理的,一般也是这么做的,但是,你的前段是双位点,在这种假设的前提下,你片段即使连上去了,这个序列说实话也真是有问题的,即便你说可能是通过菌体自身的修复机制将片段的Age I末端和载体的BamH I末端连接了

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5楼2018-05-17 09:31:32
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孤单芭蕾527

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by maoniuniu at 2018-05-17 09:31:32
不好意思,最后一个问题没解释清楚
你要是考虑是BamH I单位点造成自连,载体肯定是可以去磷酸化处理的,一般也是这么做的,但是,你的前段是双位点,在这种假设的前提下,你片段即使连上去了,这个序列说实话也真是 ...

很谢谢你这么详细的解释

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6楼2018-05-17 09:56:58
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霜1314

银虫 (小有名气)

BamH I本人做的时候很容易出现错切,形成多条带,而且温度也与其他的不同,一般能不用就不用吧

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路在脚下
7楼2019-03-19 21:49:41
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