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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » PCR产物问题
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huxuesong143

金虫 (初入文坛)

[交流] PCR产物问题

我要鉴定一只菌，初步定为放线菌，提出来的基因组跑胶后显示大于12000bp，而用16S通用引物克隆出来的，产物不一，用TAKARA ex Taq酶只产物1500bp一条，而用上海生工的pfu taq 酶产物有很多条，1000bp，800bp，500以下还有拖尾现象，请各位帮忙解答一下啊，谢了先啊。

[ Last edited by 350784478 on 2009-10-4 at 20:53 ]
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1楼 2009-03-21 10:57:21
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huxuesong143

金虫 (初入文坛)

附电泳条带图

各位，帮忙看看啊
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2楼2009-03-22 13:05:06
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
是不是Taq酶被污染了呀，你再查文献看看一般放线菌的16S有多大
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3楼2009-03-22 16:28:06
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huxuesong143

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 欣晴5832 at 2009-3-22 16:28:
是不是Taq酶被污染了呀，你再查文献看看一般放线菌的16S有多大

我买的是不同公司的酶,新的,应该不存在污染的问题啊
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4楼2009-03-25 22:05:44
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rommel1941

铁杆木虫 (正式写手)

情定山河
再优化一下条件看看
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将相本无种★男儿当自强
5楼2009-03-25 22:44:12
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surui1109

铁虫 (初入文坛)
你基因组质量好象不是很好啊。还有PFU延伸效率不如TAQ高，也有可能出现杂带，提高下退火温度试试吧
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6楼2009-03-31 11:03:42
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smallcat227

木虫 (著名写手)
就用TAKARA的不是挺好的么，后者的就是非特异性扩增嘛，1500bp用不着PFU
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7楼2009-03-31 18:22:01
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hulqi

金虫 (正式写手)
同意7楼的，我也扩的1500的。建议直接用PCRMix
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8楼2009-03-31 20:24:13
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elton_monkey

银虫 (初入文坛)
我们这都用ex taq扩增，产物大小要根据你通用引物的选择来看的吧。要是产物大小预计是1500bp的直接切胶回收测序就行了。
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9楼2009-04-01 21:45:55
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wangtengxu

木虫 (正式写手)
1）pfu也可能有非特异性扩增
2）建议用pfu重新扩增，做个梯度PCR，提高退火温度，降低dNTP加入量
3）最好把你的gDNA质量提高下
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想和有趣的人一起做有趣的事。
10楼2009-04-01 23:07:33
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