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一路向北007

木虫 (著名写手)

[求助] 质粒转化农杆菌EHA105检测问题 已有1人参与

各位大侠,本人最近构建表达载体(pCambia)总是出这样的问题:自己构建的克隆载体经质粒PCR检测并经过测序,均没有问题。随后将表达载体通过电击转化和冻融转化的方法转化农杆菌EHA105。28度培养箱培养约48小时,平板上都长了单克隆,但是,(1)挑斑后摇菌有的摇不到浑浊(金黄色),仍然是澄清;(2)挑斑后摇菌终于有的摇到浑浊(金黄色),菌液PCR确检测不到目的基因或者是条带极弱。
实在是不知道是哪里出了问题,急求大侠帮忙分析一下,不胜感激!
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我就是我。
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zjx891211

新虫 (初入文坛)

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2018-04-18 07:57:25
摇不起来的应该就是假阳性,摇起来p不出来的情况很多见,农杆菌多糖含量较高,taq酶结合位点可能被糖蛋白包裹以致于taq酶结合不上去没法扩增,解决办法提个质粒,一般能提出质粒基本就是了,不过还得进一步检验,手提质粒的话多糖蛋白去除比较干净,因此酶切或是pcr鉴定都可以,推荐酶切,pcr假阳性概率高。试剂盒提质粒的话酶切不是特别好用,可能切不开,pcr可用但还是假阳性概率问题

发自小木虫IOS客户端
2楼2018-04-09 23:48:38
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pjxiongjing

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zjx891211 at 2018-04-09 23:48:38
摇不起来的应该就是假阳性,摇起来p不出来的情况很多见,农杆菌多糖含量较高,taq酶结合位点可能被糖蛋白包裹以致于taq酶结合不上去没法扩增,解决办法提个质粒,一般能提出质粒基本就是了,不过还得进一步检验,手 ...

大肠杆菌菌液检测弱,提质粒检测能扩增出条带,酶切测序都对,转农杆菌长得少,扩增条带弱,还是保存半年后活化,有菌生长,但PCR扩增不出来

发自小木虫IOS客户端
3楼2018-04-10 00:17:36
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Neo2000

木虫 (著名写手)

很有可能是养菌的问题,重新配培养基和抗生素试试

发自小木虫Android客户端
4楼2018-04-10 14:07:04
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chenwei2551

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2018-04-18 07:57:44
尝试以下几种方法:用新鲜的YEB培养液;若放在1.5mL的离心管中摇菌,可能会存在菌液澄清问题,但不影响检测,在跑PCR时,在热变性前加一步程序:95℃,10min,你尝试下看是否可行!
5楼2018-04-11 19:23:16
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一路向北007

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zjx891211 at 2018-04-09 23:48:38
摇不起来的应该就是假阳性,摇起来p不出来的情况很多见,农杆菌多糖含量较高,taq酶结合位点可能被糖蛋白包裹以致于taq酶结合不上去没法扩增,解决办法提个质粒,一般能提出质粒基本就是了,不过还得进一步检验,手 ...

谢谢你的回复!
我就是我。
6楼2018-04-18 00:34:37
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一路向北007

木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by chenwei2551 at 2018-04-11 19:23:16
尝试以下几种方法:用新鲜的YEB培养液;若放在1.5mL的离心管中摇菌,可能会存在菌液澄清问题,但不影响检测,在跑PCR时,在热变性前加一步程序:95℃,10min,你尝试下看是否可行!

好的,谢谢你的建议!
我就是我。
7楼2018-04-18 00:35:07
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chenwei2551

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 一路向北007 at 2018-04-18 00:35:07
好的,谢谢你的建议!...

不客气,你先试试,不行的话再联系!
8楼2018-04-18 14:09:40
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